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文檔簡介
1、煙草(Nicotiana tabacum L.)是茄科(Solanaceae)中一種重要的經(jīng)濟(jì)作物,在全世界很多國家都有種植,同時也是最早應(yīng)用于分子生物和基因工程研究的模式植物之一。隨著DNA分子標(biāo)記技術(shù)的發(fā)展及在煙草研究領(lǐng)域中的應(yīng)用,煙草遺傳與育種研究的工作已實現(xiàn)了向現(xiàn)代分子領(lǐng)域的轉(zhuǎn)變。本研究基于煙草的部分基因組序列及EST序列,大規(guī)模的開發(fā)了微衛(wèi)星標(biāo)記(SSR)標(biāo)記與潛在性內(nèi)含子(PIP)標(biāo)記。同時,種質(zhì)資源的多樣性,是煙草遺傳多樣
2、性的重要保障,也是育種的重要材料來源。為了更好的促進(jìn)煙草遺傳與育種的研究,本研究基于山東農(nóng)業(yè)大學(xué)煙草實驗室的煙草種質(zhì)資源,以及公共數(shù)據(jù)庫的序列資源、遺傳圖譜、轉(zhuǎn)基因信息等,結(jié)合上述開發(fā)的分子標(biāo)記,構(gòu)建了首個煙草遺傳育種數(shù)據(jù)庫。主要結(jié)果如下:
1、基于普通煙草基因組數(shù)據(jù),開發(fā)了66297對Genomic-SSR標(biāo)記;基于4種煙草EST序列,開發(fā)了10551對EST-SSR標(biāo)記;基于煙草EST序列及擬南芥基因組序列,開發(fā)了12
3、388對PIP標(biāo)記。
2、對上述開發(fā)的標(biāo)記,在煙草序列中,進(jìn)行電子PCR驗證,結(jié)果表明3種標(biāo)記在煙草序列中均能擴(kuò)增到相應(yīng)的產(chǎn)物,達(dá)到了100%,3種標(biāo)記分別在原煙草序列中獲得的等位基因位點數(shù)分別為:2.3個(Genomic-SSR)、1.2個(EST-SSR)、2.0個(PIP)。
3、通過對本實驗室廣泛收集,并妥善保存的各類煙草種質(zhì)資源進(jìn)行整理,以及對多年來所做的種質(zhì)資源研究結(jié)果進(jìn)行細(xì)致的分析:按照不同的煙
4、草類型,依據(jù)植物學(xué)分類、植株特征、生理生化試驗數(shù)據(jù)、品吸特征、抗病性能等進(jìn)行數(shù)據(jù)的分類統(tǒng)計,最終獲取共計1472份煙草種質(zhì)資源的詳細(xì)信息。
4、通過對種質(zhì)資源、序列信息、分子標(biāo)記、遺傳圖譜以及轉(zhuǎn)基因等信息進(jìn)行分析與整理,建立了首個煙草遺傳育種數(shù)據(jù)庫TGB(http://yancao.sdau.edu.cn)。該數(shù)據(jù)庫以Linux+Apache+MyS QL+PHP為基礎(chǔ)進(jìn)行的構(gòu)建,由3部分構(gòu)成:材料庫(種質(zhì)資源與煙草序列)
5、,分子標(biāo)記庫(Genomic-SSR,EST-SSR,PIP),以及應(yīng)用庫(遺傳圖譜與轉(zhuǎn)基因)。
5、本數(shù)據(jù)庫同時還是一個煙草遺傳與育種相關(guān)科研的互動交流平臺,主要提供以下功能:1)種質(zhì)資源、SSR和PIP標(biāo)記的查詢;2)SSR與PIP標(biāo)記的在線設(shè)計與下載;3)煙草基因組序列及EST序列的下載;3)煙草序列的Blast比對功能;4)普通煙草SSR標(biāo)記構(gòu)建的遺傳圖譜及標(biāo)記信息下載;5)基于Perl語言開發(fā)的SSR標(biāo)記與PIP
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