基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)的小菜蛾腦神經(jīng)肽的鑒定與表達(dá)規(guī)律研究.pdf

1、本文對(duì)小菜蛾腦組織轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測(cè)定及分析，明確了幼蟲期腦組織中基因的組成和種類以及它們?cè)诓硕瓯P絨繭蜂寄生后的數(shù)字表達(dá)譜，從中鑒定出一批腦神經(jīng)肽基因，并用qrt-PCR的方法檢測(cè)和比較了他們?cè)诩纳臀醇纳〔硕昴X組織中的表達(dá)模式?，F(xiàn)將結(jié)果總結(jié)如下:
　　 1.小菜蛾腦組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及功能注釋
　　 使用Illumina測(cè)序技術(shù)對(duì)小菜蛾腦組織轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序，共得到7，115，762個(gè)reads，總長(zhǎng)度為1，280，837，1

2、60個(gè)核苷酸，reads平均讀長(zhǎng)為180bp。Reads通過(guò)系列拼接得到42，441個(gè)unigene序列。E值的閾值為1.0E-5時(shí)有19，144個(gè)unigene在Nr有序列相匹配?？勺⑨屝蛄兄?5.5％的比對(duì)結(jié)果E值在1.0E-50到1.0E-5之間;相似度的分析發(fā)現(xiàn)34.6％的序列與比對(duì)上序列的相似度大于60％。比對(duì)時(shí)排第一的序列進(jìn)行物種分析發(fā)現(xiàn)，比例最大的是意大利蜜蜂26.3％，同為鱗翅目的家蠶占5.79％。
　　 2.神

3、經(jīng)肽基因的鑒定
　　 根據(jù)Nr功能注釋結(jié)果，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中有19種已知的神經(jīng)肽基因EST序列,它們是:AllatostatinA(AstA)、Allatostatin C(AstC)、Allatotropin(AT)、Allatotropin(AT)、Bursicon(BUR)、Partner ofBursicon(PBUR)、CCHamide、CHH-like protein precursor、Crustacean car

4、dioactive peptide(CCAP)、Diuretichormone isoform DH45 precursor、FMRFamide、FMRFamide-related peptides(FaRPs)、Ion-transport peptide、precursor-like protein(ITP)、Leucokinin(LK)、Neuroparsin、Neuropeptide F2(NPF2)、Neuropeptide-l

5、ike precursor1(NPLP1)、Prothoracicotropic hormone precursor(PTTH)、Short neuropeptide F(sNPF)、Tachykinin(TK)、Tachykinin(TK)。通過(guò)反轉(zhuǎn)錄PCR驗(yàn)證了其中6個(gè)神經(jīng)肽基因的存在，即:A型咽側(cè)體抑制肽AstA，咽側(cè)體活化肽AT，鞣化激素BUR及PBUR，促前胸腺激素PTTH和類甲殼心律肽CCAP。
　　 3.小菜蛾腦組

6、織數(shù)字基因表達(dá)譜測(cè)序
　　 本論文共測(cè)了小菜蛾3齡中、3齡末及被菜蛾盤絨繭蜂寄生后12、24、48、72、120、168小時(shí)等不同發(fā)育時(shí)期腦組織的數(shù)字基因表達(dá)譜，發(fā)現(xiàn)寄生24小時(shí)與3齡末相比上調(diào)基因有1974個(gè)，下調(diào)基因有1749個(gè)，但神經(jīng)肽同源序列沒(méi)有顯著變化;差異表達(dá)基因中有517個(gè)可以匹配到GO功能聚類中，其中下調(diào)基因有433個(gè)。
　　 4.神經(jīng)肽轉(zhuǎn)錄水平表達(dá)模式分析
　　 通過(guò)實(shí)時(shí)定量PCR方法對(duì)6個(gè)已驗(yàn)