江豚MHC-DQB座位第二外元序列變異分析.pdf

1、本文分析了195頭江豚(Neophocaenaphocaenoides)的主要組織相容性復(fù)合體(major histocompatibility complex，MHC)基因DQB座位第二外元的序列變異，其中包括部分假定的肽段結(jié)合區(qū)域(peptide-binding region，PBR)。所分析的江豚樣品來(lái)自于中國(guó)水域的三個(gè)種群，即長(zhǎng)江種群、黃海種群和南海種群。目的DNA經(jīng)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行SSCP(single-str

2、andedconformation polymorphism)分型然后克隆測(cè)序。共從200個(gè)克隆中獲得了長(zhǎng)度為172bp的目的基因序列。在這些序列中發(fā)現(xiàn)了19個(gè)可變位點(diǎn)，定義了11個(gè)等位基因。在所有序列中都沒(méi)有發(fā)現(xiàn)序列的插入、缺失或終止密碼子，猜測(cè)這些序列在體內(nèi)是具有功能的基因片段。經(jīng)過(guò)等位基因堿基對(duì)間的比較發(fā)現(xiàn)其中非同義替換和同義替換的比值(dN／ds)為4.101：1，替換導(dǎo)致了16個(gè)氨基酸的改變，其中有8個(gè)存在于假定的肽段結(jié)合位點(diǎn)

3、，通常情況下，d<,N>／d<,s>的比值是小于1的，較多的氨基酸替換對(duì)生物體可能是致死的，而在假定的肽段結(jié)合位點(diǎn)，這種氨基酸的替換可以導(dǎo)致其結(jié)合的肽段的不同，從而產(chǎn)生肽段結(jié)合的多樣性，使其應(yīng)答于多種多肽序列，因此非同義替換遠(yuǎn)大于同義替換暗示江豚DQB座位在細(xì)胞內(nèi)免疫識(shí)別中具有重要的作用。與其它海洋哺乳動(dòng)物相比，本研究發(fā)現(xiàn)江豚的MHC-DQB座位中存在較高的序列多樣性，可能與長(zhǎng)江江豚生活在病原微生物更多樣化的淡水環(huán)境中，從而面臨著較高的

4、平衡選擇壓力有關(guān)。 不同的生物，甚至在進(jìn)化上相距甚遠(yuǎn)的生物，如果生活在條件相同的環(huán)境中，在同樣選擇壓的作用下，有可能產(chǎn)生功能相同或十分相似的形態(tài)結(jié)構(gòu)和生理適應(yīng)，以適應(yīng)相同的條件。此種現(xiàn)象稱為趨同進(jìn)化(convergent evolution)。 這種趨同進(jìn)化中的相似性并不是由共同的祖先享有的相似性進(jìn)化而來(lái)的，而是對(duì)在相同的環(huán)境中所面臨的相同的選擇壓力進(jìn)行適應(yīng)的結(jié)果。在本研究中我們發(fā)現(xiàn)江豚MHC-DQB座位等位基因序列