岷江百合全長cDNA文庫的構(gòu)建及轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、岷江百合(Lilium regale)屬于百合科(Liliaceae)百合屬(Lilium)，其原種天然分布于四川岷江流域海拔760-2200m的干旱河谷區(qū)。它具有耐寒、耐干旱、耐鹽堿、抗病、藥用價(jià)值高等特點(diǎn)；同時(shí)，岷江百合花色豐富，觀賞性較強(qiáng)。因此，岷江百合作為百合種質(zhì)創(chuàng)新的優(yōu)良親本有一定的實(shí)際價(jià)值和意義。
　　 本文構(gòu)建了岷江百合花的cDNA文庫，同時(shí)開展岷江百合轉(zhuǎn)錄組分析的研究，分別進(jìn)行EST測(cè)序和生物信息學(xué)分析。為識(shí)別和

2、分離百合花藥、花色相關(guān)基因奠定了基因組學(xué)和分子生物學(xué)方面的研究基礎(chǔ)。該研究獲得的主要結(jié)果如下：
　　 1)以百合花(蕾)為材料，采用SMART技術(shù)，構(gòu)建了岷江百合花高質(zhì)量全長cDNA文庫。原始文庫滴度達(dá)到1.4×106pfu.ml-1，重組率達(dá)95.83％，插入片段分布在1-3kb之間，平均長度大于1kb。結(jié)果表明所建文庫是完整的、有效的，可用于大規(guī)?；蚍治龊秃Y選。
　　 2)隨機(jī)挑取192個(gè)噬菌斑PCR擴(kuò)增后進(jìn)行測(cè)序

3、，進(jìn)行cDNA文庫質(zhì)量的鑒定。共得到184條EST序列，平均長度為496bp。將其中175條高質(zhì)量序列聚類拼接后得到13條重疊群(Contigs)和144條單一序列(Singletons)，冗余度為10.29％。Blast結(jié)果表明：66條有同源序列，占所得序列的35.87％；118條無同源序列，占所得序列的64.13％。最終將173條有效序列提交到到GenBank數(shù)據(jù)庫，登錄號(hào)從GT229409到GT229581。
　　 3)以

4、岷江百合的葉片、鱗片、根及盛開花為材料，利用Solexa大規(guī)模測(cè)序技術(shù)，獲得73501條一致序列(Consensus-gene)，包括1542條重疊簇(clusters)和71958條單一序列(singletons)。使用基于Linux平臺(tái)的本地化分析平臺(tái)系統(tǒng)對(duì)11802條序列進(jìn)行了生物學(xué)過程、構(gòu)成細(xì)胞的組分，實(shí)現(xiàn)的分子功能三個(gè)層次的GO注釋，獲得了百合多層次注釋信息。將一致序列(Consensus-gene)和蛋白質(zhì)直系同源簇(COG

5、)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，預(yù)測(cè)Consensus-gene可能的功能。把通過比對(duì)獲得岷江百合有功能描述基因(包括功能確定的及推測(cè)功能的)分為24類，即RNA的加工與修飾相關(guān)基因，染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)與變化相關(guān)基因，能量的生產(chǎn)和轉(zhuǎn)換相關(guān)基因，細(xì)胞周期控制、細(xì)胞分裂、染色體分離相關(guān)基因，氨基酸的運(yùn)輸和代謝相關(guān)基因，核苷酸的運(yùn)輸和代謝，糖類(碳水化合物)的運(yùn)輸和代謝相關(guān)基因，輔酶的運(yùn)輸和代謝相關(guān)基因，脂質(zhì)化合物的運(yùn)輸和代謝相關(guān)基因，翻譯、核糖體結(jié)構(gòu)和生物合成