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文檔簡(jiǎn)介
1、目的:
本文主要介紹高維數(shù)據(jù)下半?yún)?shù)可加危險(xiǎn)率模型中基于ISIS的變量選擇方法,并探討AHAZISIS模型,AHAZLASSOISIS模型,AHAZENISIS模型,AHAZSSCADISIS模型在高維數(shù)據(jù)生存分析中的優(yōu)劣。從而揭示死亡或其他生存結(jié)局發(fā)生的時(shí)間與基因表達(dá)之間的關(guān)系,從基因?qū)用嫔蠟榧膊〉脑\療和預(yù)后以及改進(jìn)治療方案提供依據(jù)。
方法:
介紹AHAZISIS模型,AHAZLASSOISIS模型,AH
2、AZENISIS模型和AHAZSSCADISIS模型的基本方法原理。針對(duì)生物信息學(xué)高維度,強(qiáng)相關(guān),小樣本量的數(shù)據(jù)特征進(jìn)行數(shù)據(jù)模擬,并比較四種模型在不同模擬數(shù)據(jù)下的表現(xiàn)情況。最后利用來源于TCGA的前列腺癌數(shù)據(jù)進(jìn)行實(shí)證研究。
結(jié)果:
?、俑鞣N模擬數(shù)據(jù)情形下,三種初次懲罰函數(shù)的模擬結(jié)果在一致性和精確性的表現(xiàn)上差別不大。
?、诟鞣N數(shù)據(jù)情形下,四種再次懲罰函數(shù)在一致性方面OS-SCAD表現(xiàn)最好,SSCAD次之,Lass
3、o第三,EN表現(xiàn)最差;而在精確性方面,OS-SCAD和SSCAD較好,Lasso次之,EN表現(xiàn)最差。
?、鄹鞣N數(shù)據(jù)情形下,再次懲罰函數(shù)SSCAD的不同steps在一致性方面,steps=1表現(xiàn)最好,steps=2,3,4,5比較接近;在精確性方面,steps=1表現(xiàn)最差,steps=2,3,4,5比較接近。
?、苋N初次懲罰函數(shù),四種再次函數(shù)以及再次懲罰函數(shù)SSCAD的不同steps在精確性方面與協(xié)變量相關(guān)系數(shù)大小呈負(fù)相
4、關(guān),即相關(guān)系數(shù)較小則精確性高,反之精確性則低。
?、軦HAZISIS模型、AHAZSSCADISIS模型在實(shí)證研究中篩選出基因數(shù)目少,模型可解釋性較好。根據(jù)log-rank檢驗(yàn)的p值大小,AHAZISIS模型、AHAZSSCADISIS模型在實(shí)證研究中預(yù)測(cè)能力方面表現(xiàn)較好。
結(jié)論:
在模擬研究和實(shí)證研究中,各模型表現(xiàn)一致。AHAZISIS模型和AHAZSSCADISIS模型的模型解釋性較好,估計(jì)精確性也較高,
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