蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)相似度算法模型的研究與建立.pdf

1、蛋白質(zhì)是組成生物體的物質(zhì)基礎(chǔ)，是生物功能的體現(xiàn)者，生物體中的所有重要組成部分都需要蛋白質(zhì)的參與。根據(jù)生物學(xué)界的共識(shí)，蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能是統(tǒng)一的，蛋白質(zhì)的生物功能在很大程度上依賴于其空間結(jié)構(gòu)，它的三維空間最終決定了該蛋白質(zhì)的生物功能，空間結(jié)構(gòu)相似的蛋白質(zhì)功能也往往相似。對蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)和生物功能的研究不僅可以幫助生物學(xué)者理解蛋白質(zhì)的作用機(jī)理，而且對生命發(fā)展規(guī)律的研究有著重要的意義。
　　本文首先介紹了目前比較蛋白質(zhì)相似度的幾類方法，

2、基于前人的研究基礎(chǔ)，提出了一種類似球殼碎片的空間劃分方法，對目標(biāo)蛋白建立球極坐標(biāo)系，根據(jù)球體半徑、方位角和仰角將蛋白質(zhì)劃分區(qū)域，作為比較，分別將球體半徑、方位角和仰角劃分成二等分和三等分，也就是將蛋白質(zhì)分為8塊和27塊來進(jìn)行計(jì)算。并在多位生物信息學(xué)專家的建議下，選取原子個(gè)數(shù)、氨基酸個(gè)數(shù)、氨基酸種類、C原子個(gè)數(shù)、H原子個(gè)數(shù)、O原子個(gè)數(shù)、N原子個(gè)數(shù)、P原子個(gè)數(shù)、S原子個(gè)數(shù)、P原子位置、S原子位置以及各模塊的密度共十二個(gè)特征參數(shù)進(jìn)行分析。通過

3、分析這十二個(gè)特征參數(shù)的相似度和運(yùn)用BLASTP獲得相似度之間的關(guān)系，分別對二等分和三等分結(jié)果建立了線性模型和BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型，來計(jì)算蛋白質(zhì)的相似度，并對建立的模型進(jìn)行了比較分析。
　　本研究的主要?jiǎng)?chuàng)新點(diǎn)有：
　　（1）提出了一種類似球殼碎片的空間劃分方法，二等分和三等分球體半徑、方位角以及仰角將蛋白質(zhì)分為8塊和27塊來進(jìn)行計(jì)算。
　?。?）選取了十二個(gè)特征參數(shù)來進(jìn)行計(jì)算，將蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)和生物特性進(jìn)行了有效的結(jié)合。<