基于CUDA的蛋白質結構比對算法的設計與實現(xiàn).pdf

1、生物學研究發(fā)現(xiàn)氨基酸鏈空間結構越相似，功能也越相似。比對氨基酸鏈的空間結構相似程度對研究生物信息學有很大意義，但是處理龐大繁雜的氨基酸鏈空間結構數據需要消耗大量的時間和經費。若基于GPU技術開發(fā)計算多個氨基酸鏈結構別對程序，對蛋白質結構功能闡述有重要意義。結構比對時間。
　　在研究分析GPU計算的基礎上，對一種結構比對程序Tm-align算法，采用CUDA技術進行設計與實現(xiàn)。主要研究內容包括：剖析傳統(tǒng)TM-align蛋白質空間結構

2、比對算法，并且研究GPU計算儲存架構。對TM-align算法進行計算任務分割，使大量計算任務可以并行處理在GPU上；對Tm-align算法的五個初始化、動態(tài)規(guī)劃等環(huán)節(jié)進行優(yōu)化，使得Tm-align運行流程更加適合GPU，進一步得到更好的加速比。在此針對動態(tài)規(guī)劃算法提出了基于流水線的并行化和基于線性內存聚合訪問的兩種并行化思路，并對兩種并行化思路適用的情況通過實驗作出的解釋與說明。最后，提出適用多GPU計算提供解決方案。
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