中國東南近海條紋斑竹鯊的群體遺傳結構研究.pdf

1、本文通過設計引物進行PCR擴增并測序,獲得并分析條紋斑竹鯊(Chiloscyllium plagiosum,Bennett)的線粒體基因組(mtDNA)中細胞色素6基因(cyt6)及控制區(qū)(control region)基因的全序列,探討了條紋斑竹鯊瓊海、湛江、廈門、平潭4個群體的遺傳結構特點和群體分化,主要結果如下:
　　 1.條紋斑竹鯊mtDNA的cytb全序列長度為1146 bp。共發(fā)現(xiàn)20個變異位點,變異主要發(fā)生在三聯(lián)密

2、碼子的第三個堿基上,在堿基組成上呈現(xiàn)顯著的反G偏倚,在密碼子使用上也存在明顯偏倚性。各地理群體的起始密碼子均相同為標準起始密碼子ATG；終止密碼子的使用也相同。各個地理群體之間在密碼子第一和第三位的堿基含量略有不同,但是在密碼子的第二位,各堿基含量固定。共確定了23種單倍型,4個群體的共享單倍型只有1個。平潭群體的單倍型較其它3個群體豐富,其單倍型多樣指數(shù)和核苷酸多樣度最高(11=0.75132,π=0.00277)。
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3、.條紋斑竹鯊mtDNA的控制區(qū)全序列長度為1077-1079 bp。共發(fā)現(xiàn)7個變異位點,2個插入/缺失位點。堿基組成在群體間基本維持穩(wěn)定,也表現(xiàn)出很強的反G偏倚。共確定了11種單倍型,4個群體的共享單倍型2個,瓊海群體的單倍型最為豐富,其單倍型多樣指數(shù)最高(h=0.639),群體內(nèi)核苷酸多樣性指數(shù)最大(π=0.00078)。
　　 3.結合cytb和控制區(qū)序列數(shù)據(jù),分析了4個群體的遺傳結構和遺傳分化。結果表明:(1)條紋斑竹鯊的

4、遺傳多樣性較低,推測是第四紀冰期使條紋斑竹鯊群體經(jīng)歷瓶頸效應及現(xiàn)代人為捕撈,污染等因素所致。瓊海和平潭群體顯示了較高的遺傳多樣性,群體內(nèi)出現(xiàn)了較大的遺傳分化。遺傳多樣性分析、中性檢驗結果、單倍型網(wǎng)絡圖及核苷酸不配對分析均顯示條紋斑竹鯊群體可能在進化過程中存在快速的擴張過程,且目前的進化可能正逐漸偏離中性模式。(2)通過分子變異分析(AMOVA)方法估算,4個地理群體間存在著顯著的遺傳分化,但是地理距離較近的兩兩群體間遺傳分化不顯著,而距

5、離較遠的群體問分化顯著。4個地理種群的基因流和遺傳距離計算結果均表明群體間的分化程度很低,單倍型網(wǎng)絡圖和鄰接關系樹共同顯示條紋斑竹鯊并沒有按地理分布形成明顯的族群,說明條紋斑竹鯊不同地理群體間的分化較小,空間距離是導致遺傳分化的主要因素。(3)通過繪制單倍型網(wǎng)絡圖顯示現(xiàn)有的分布群體可能是由2個祖先群體經(jīng)過遷移后形成。廈門群體在進化過程中有逐漸分化出獨有的遺傳特征的趨勢。湛江群體在進化過程中喪失了部分遺傳多樣性,提示應重視對該海域條紋斑竹