ABEEMσπ-MM模型對(duì)蛋白質(zhì)體系的研究.pdf

1、蛋白質(zhì)在人們生活中的作用非常重要,使得蛋白質(zhì)的研究成為熱點(diǎn)課題。本文應(yīng)用ABEEMσπ／MM模型對(duì)三個(gè)蛋白質(zhì)分別進(jìn)行了分子動(dòng)力學(xué)模擬。分別計(jì)算了模擬得到的結(jié)構(gòu)與實(shí)驗(yàn)晶體結(jié)構(gòu)相比的均方根位移偏差,得到的均方根位移偏差順序?yàn)?骨架原子<非氫原子<側(cè)鏈原子。這與蛋白質(zhì)柔性較大的區(qū)域集中在側(cè)鏈,比較容易受到外界環(huán)境的影響相吻合。然后計(jì)算了三種蛋白質(zhì)達(dá)到平衡后骨架原子的鍵長(zhǎng)、鍵角及二面角相對(duì)于實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)平均的均方根偏差。我們的數(shù)值與用CHARMM力

2、場(chǎng)得到的相應(yīng)結(jié)果很接近,有的比CHARMM力場(chǎng)得到的相應(yīng)結(jié)果小,這說(shuō)明我們的力場(chǎng)是合理可靠的。在此基礎(chǔ)上,應(yīng)用ABEEMσπ／MM模型對(duì)乙酰膽堿酯酶抑制劑Tacrine(塔克寧)與組胺轉(zhuǎn)甲基酶進(jìn)行了分子對(duì)接。然后,對(duì)四種乙酰膽堿酯酶抑制劑小分子Tacrine、Donpezil、Rivastigmine、Huperzine與乙酰膽堿酯酶的相互作用進(jìn)行了研究。通過(guò)對(duì)接計(jì)算并優(yōu)化后所得的復(fù)合物2aowa,2aowb很好的接近實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)。而且得到