棉花分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及其應(yīng)用.pdf

1、本研究以公共數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ)，結(jié)合棉花遺傳與育種實(shí)際，構(gòu)建了以核酸為主的棉花專門(mén)化分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，及棉花遺傳育種研究室的專業(yè)網(wǎng)站。基于Apache環(huán)境，實(shí)現(xiàn)了wwwBLAST的本地化服務(wù)。利用phrap和blast軟件，建立了核酸序列電子自動(dòng)延伸系統(tǒng)。從基因組水平上，對(duì)陸地棉、亞洲棉和雷蒙德氏棉三個(gè)棉種的ESTs進(jìn)行了同源性分析和比較。獲得主要結(jié)果如下： 1．以Dreamweave為框架構(gòu)建了棉花遺傳育種研究室的專業(yè)網(wǎng)站。以MyS

2、QL作為后臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)，以Apache為服務(wù)器，用PHP語(yǔ)言，在Linux操作系統(tǒng)下構(gòu)建了棉花分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)，包括用戶登錄系統(tǒng)、數(shù)據(jù)庫(kù)查詢系統(tǒng)和數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)。數(shù)據(jù)庫(kù)查詢系統(tǒng)包括EST數(shù)據(jù)庫(kù)、STS數(shù)據(jù)庫(kù)、HTGS數(shù)據(jù)庫(kù)、GSS數(shù)據(jù)庫(kù)、引物數(shù)據(jù)庫(kù)和擬南芥參照數(shù)掘庫(kù)。其中，棉花EST數(shù)據(jù)庫(kù)的記錄量超過(guò)28萬(wàn)條。 2．基于apache環(huán)境，在Linux操作系統(tǒng)下，實(shí)現(xiàn)了wwwBLAST同源序列檢索程序的本地化服務(wù)。在脫機(jī)狀態(tài)下使用

3、blast進(jìn)行同源性比對(duì)，檢索方式、參數(shù)選擇、結(jié)果格式與NCBI網(wǎng)站上的blast同源比對(duì)類似，彌補(bǔ)了公共數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)缺乏針對(duì)性，比對(duì)結(jié)果復(fù)雜等缺點(diǎn)，使棉花的數(shù)據(jù)查詢和序列比對(duì)變得更加方便、快捷、穩(wěn)定和安全。 3．在Linux操作系統(tǒng)下，用，perl語(yǔ)言和shell語(yǔ)言，運(yùn)用phrap軟件和blast軟件，建立了核酸序列電子自動(dòng)延伸系統(tǒng)，使棉花的ESTS得到有效、快速延伸。經(jīng)過(guò)電子延伸的序列，可用RACE技術(shù)進(jìn)行驗(yàn)證，為獲得新基

4、因及全長(zhǎng)cDNA序列提供重要參考。 4．從基因組水平上，通過(guò)BLAST和GO對(duì)陸地棉、亞洲棉和雷蒙德氏棉三個(gè)棉種的ESTs進(jìn)行同源性的分析與比較，結(jié)果表明無(wú)論從GC含量、功能比較、同源性分析方面，都表現(xiàn)出較高保守性。將這三個(gè)棉種的ESTs分別同水稻的蛋白庫(kù)、擬南芥的蛋白庫(kù)和其他植物的EST拼接后的序列庫(kù)進(jìn)行BLASTX、BLASTN和TBLASTX同源比對(duì)，得到各自的唯一序列：陸地棉為3134條，亞洲棉為1577條，雷蒙德氏棉為