預測分子相互作用網(wǎng)絡(luò)及基于網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)生物學分析.pdf

1、分子相互作用是所有細胞過程中必不可少的。對分子相互作用網(wǎng)絡(luò)的解讀不僅使我們了解基因和蛋白質(zhì)的功能，也為我們理解生物體內(nèi)更高層次的調(diào)控機制提供了突破口。在釀酒酵母、人類、果蠅、線蟲和擬南芥中，全基因組酵母雙雜交篩選和大規(guī)模的親和純化/質(zhì)譜分析實驗已經(jīng)被報道?；诖私⒘艘恍┑鞍踪|(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫，如IntAct，BioGRID，BIND，TAIR等。然而，迄今為止還沒有實驗能將植物和人類的全部相互作用組描繪清楚。擬南芥和人類實驗報道的分子相

2、互作用組仍僅占所有可能的分子相互作用一小部分。
　　本研究經(jīng)過仔細地整合選擇訓練測試集，整合側(cè)面證據(jù)，調(diào)整預測模型，預測整合得到了擬南芥分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和人類的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)。其中，擬南芥的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)包括4545條實驗報道的相互作用和145494條預測的相互作用，共計149900條分子相互作用，預期可覆蓋24％的擬南芥所有可能的分子相互作用，并且準確率達到了40％。人類的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)包括155974條分子相互作用，其中

3、有69586條是實驗報道的相互作用，90208條是預測的相互作用。人類分子相互作用網(wǎng)絡(luò)預期可覆蓋22％的人類所有可能的分子相互作用，準確率達到了41％?；谌祟惡蛿M南芥分子相互作用網(wǎng)絡(luò)完成了一系列系統(tǒng)生物學分析，主要包括分析擬南芥AraCyc代謝生物途徑網(wǎng)絡(luò)，分析人類和擬南芥的G(O)生物途徑網(wǎng)絡(luò)，基于分子相互作用網(wǎng)絡(luò)預測人類和擬南芥基因功能，識別激素刺激下擬南芥表達變化不顯著的關(guān)鍵調(diào)控基因，解析他汀誘導多發(fā)骨髓瘤細胞選擇性凋亡的表達譜