水稻蛋白質相互作用網絡的生物信息學分析.pdf

1、運用生物信息學方法對預測的蛋白質相互作用組數據進行數據挖掘已經成為蛋白質相互作用研究中最為熱門的領域之一。因此，我們利用生物信息學的方法整合同源相互作用信息，對水稻（Oryza sativa）的蛋白質相互作用進行了預測，獲得了76585對相互作用，共涉及到5049個蛋白質。為了深入研究水稻蛋白質相互作用網絡的結構與功能，我們對得到的相互作用網絡進行了基因表達譜、GO注釋、亞細胞定位等生物信息學分析。通過GO的聚類分析，我們發(fā)現(xiàn)該預測網絡

2、的GO注釋水平達到了84％，且對整個水稻蛋白質組有較高的覆蓋度且分布十分均勻。通過對該預測網絡的基因共表達分析，我們發(fā)現(xiàn)該預測網絡中相互作用蛋白質之間具有顯著的基因共表達趨勢。通過對該預測網絡的亞細胞定位分析，我們發(fā)現(xiàn)該預測網絡中相互作用蛋白定位在同一個亞細胞器中的趨勢顯著，比例達到了44.3％。通過對網絡的拓撲結構進行分析，我們揭示了該預測網絡在拓撲結構上具有顯著的無尺度網絡屬性和小世界網絡屬性，并進一步與酵母、人類、擬南芥等模式生物