基于離散事件方法的DNA復(fù)制過(guò)程仿真設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、本文針對(duì)真核生物的DNA復(fù)制過(guò)程的仿真，提出了一種基于離散事件的仿真方法。真核生物的DNA復(fù)制過(guò)程是從基因組上的多個(gè)位點(diǎn)開(kāi)始的，這些位點(diǎn)被稱作復(fù)制源點(diǎn)。復(fù)制過(guò)程的開(kāi)始是由復(fù)制源點(diǎn)的觸發(fā)引起的。當(dāng)復(fù)制源點(diǎn)觸發(fā)會(huì)生成兩個(gè)沿著基因組異向運(yùn)動(dòng)的復(fù)制叉，當(dāng)基因組上所有的復(fù)制叉都停止運(yùn)動(dòng)并且不存在還處于準(zhǔn)備復(fù)制狀態(tài)的復(fù)制源點(diǎn)時(shí)，DNA的復(fù)制過(guò)程結(jié)束。
　　然而，在整個(gè)DNA復(fù)制過(guò)程當(dāng)中復(fù)制源點(diǎn)的觸發(fā)時(shí)間并不確定，有些源點(diǎn)傾向于在復(fù)制過(guò)程早期觸

2、發(fā)，而另外一些則傾向于在晚期觸發(fā)，但是從整體來(lái)看，所有源點(diǎn)的觸發(fā)時(shí)間又體現(xiàn)出一定的隨機(jī)分布的規(guī)律，因此，其觸發(fā)機(jī)制尚未明確，而針對(duì)這一過(guò)程的仿真方法多樣而復(fù)雜，且主要分為兩類(lèi)模型:確定性模型與隨機(jī)性模型。確定性模型將源點(diǎn)的觸發(fā)時(shí)間順序設(shè)定為確定的序列，在復(fù)制過(guò)程中源點(diǎn)的觸發(fā)有序進(jìn)行。隨機(jī)性模型將源點(diǎn)的觸發(fā)時(shí)間順序進(jìn)行隨機(jī)處理，在復(fù)制過(guò)程的進(jìn)行中未觸發(fā)源點(diǎn)的觸發(fā)時(shí)間會(huì)發(fā)生變化。本文中，將會(huì)基于一種隨機(jī)混合模型來(lái)運(yùn)用離散事件方法，該模型融合

3、了確定性模型和隨機(jī)性模型的特征。
　　針對(duì)DNA復(fù)制過(guò)程的仿真，本文提出了一種基于離散事件的仿真方法。文中分析了DNA復(fù)制過(guò)程的特點(diǎn)，將復(fù)制源點(diǎn)的狀態(tài)描述為離散狀態(tài)，而將復(fù)制源點(diǎn)的復(fù)制叉運(yùn)動(dòng)描述為連續(xù)狀態(tài);并明確離散狀態(tài)的改變是由連續(xù)狀態(tài)的改變而引起的，給出了離散狀態(tài)的轉(zhuǎn)變關(guān)系，既多個(gè)離散事件;提出了離散事件的定義，描述，特性及關(guān)系;提出了一套基于離散事件的仿真方法及流程，并進(jìn)行了離散事件仿真程序?qū)崿F(xiàn)。結(jié)果表明，本文提出的基于離散