液態(tài)水的分子動力學(xué)模擬及多肽蛋白質(zhì)分子電負(fù)性的研究.pdf

1、本文應(yīng)用ABEEM-7P水分子模型對液態(tài)水進(jìn)行了分子動力學(xué)模擬，首先在298 K，1 atm條件下研究了Berendsen方法控制的溫度與壓力變化情況，得到合適的τT=0.01 ps和τP=0.05 ps。根據(jù)不同溫度，1 atm下計(jì)算所得溫度與壓力的平均值驗(yàn)證τT及τP的合理性。同時在不同溫度下，對含有216及500個水分子的液態(tài)水體系計(jì)算了NVT系綜和NPT系綜下電荷的平均值，最小值及最大值。通過比較電荷的平均值發(fā)現(xiàn)，同一位點(diǎn)電荷的

2、平均值在不同溫度下差異不大。相對來說，在NVT系綜下，較大的液態(tài)水體系計(jì)算得出的O原子和H原子上的正電荷較大，O原子上孤對電子和O-H鍵上的負(fù)電荷較小。對比同一體系在NVT及NPT系綜下的計(jì)算結(jié)果可知，NVT系綜的極化作用略強(qiáng)于NPT系綜。
　　為了解原子-鍵電負(fù)性均衡方法計(jì)算電荷及分子電負(fù)性的本質(zhì)，本文應(yīng)用ABEEMσπ方法計(jì)算了幾種中性的多肽分子及蛋白質(zhì)1CRN的分子電負(fù)性。通過比較可知，十一種中性二肽分子中電負(fù)性最大的為半胱

3、氨酸二肽，最小的為色氨酸二肽。對于五種構(gòu)象（αL螺旋、αR螺旋、β折疊、βα折疊及PPⅡ螺旋結(jié)構(gòu)）的四肽分子，同種構(gòu)象（如αL螺旋）的十一種分子中電負(fù)性最大的始終為半胱氨酸四肽，分子電負(fù)性最小的始終為色氨酸四肽。蛋白質(zhì)1CRN的分子電負(fù)性略小于本文所計(jì)算的幾種多肽分子。本文還分別計(jì)算了分子中所有位點(diǎn)有效電負(fù)性計(jì)算公式前兩項(xiàng)的加和，再計(jì)算其算術(shù)平均值、幾何平均值及調(diào)和平均值，發(fā)現(xiàn)分子均衡態(tài)的電負(fù)性與相應(yīng)的算術(shù)平均值最為接近，其絕對偏差均不