ngs用于指導(dǎo)晚期惡性腫瘤治療2016

1、NGS用于指導(dǎo)晚期惡性腫瘤治療新進(jìn)展----精準(zhǔn)檢測，精準(zhǔn)治療Insight on Novel Mechanisms and Precision Care,方勇 (微信號：fangyzju)浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬邵逸夫醫(yī)院腫瘤內(nèi)科,基因檢測一覽,Presented By Claudine Isaacs at 2016 ASCO Annual Meeting,遺傳性腫瘤重疊表型,同病異治異病同治,Sequencing is …,P

2、resented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting,測序的優(yōu)勢價(jià)格更低廉品質(zhì)更高適用范圍更廣 —機(jī)器 —試劑盒 —軟件組織靈活性更高 —石蠟標(biāo)本 —無需細(xì)胞 —甚至RNA！,近8年，ASCO年會上與NGS相關(guān)的摘要數(shù)目投稿,內(nèi)容：NGS指導(dǎo)下EGFR突變型TKI 耐藥患者的治療NGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測

3、與腫瘤治療NGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用,腫瘤異質(zhì)性,腫瘤治療前的低頻突變變成了主克隆的耐藥性突變,EGFR-TKI耐藥機(jī)制EGFR-TKI原發(fā)性耐藥機(jī)制 EGFR-TKI獲得性耐藥機(jī)制,原發(fā)性耐藥 使用EGFR-TKI后未曾出現(xiàn)過臨床獲益,EGFR-TKI原發(fā)性耐藥機(jī)制,10種已知的驅(qū)動(dòng)基因包括：EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET。 結(jié)

4、果表明：54%腫瘤樣本只存在一種驅(qū)動(dòng)基因突變。意義：驅(qū)動(dòng)基因在肺癌的發(fā)展中起重要作用，根據(jù)患者的驅(qū)動(dòng)基因突變檢測結(jié)果，可決定是否給予患者相應(yīng)的靶向治療藥物。,TKI獲得性耐藥的臨床定義,EGFR TKI單藥的治療存在EGFR敏感突變或客觀臨床獲益疾病進(jìn)展(RECIST標(biāo)準(zhǔn)),Jackman DM et al; J Clin Oncol. 2010; 28(2):357-60.,EGFR-TKI獲得性耐藥的可能機(jī)制,Kim-Son

5、 H. Clin Lung Cancer 2009,獲得性耐藥患者的管理策略？,三種臨床失敗模式,Yang JJ, et al. Lung Cancer. 2013 Jan;79(1):33-9.,疾病控制≥3個(gè)月與以往評估相比，腫瘤負(fù)荷快速增加癥狀評分達(dá)到2,疾病控制≥6個(gè)月與以往評估相比，腫瘤負(fù)荷輕微增加癥狀評分達(dá)到?1,疾病控制≥3個(gè)月孤立性顱外進(jìn)展或顱內(nèi)進(jìn)展癥狀評分達(dá)到?1,EGFR-TKI獲得性耐藥的治療

6、策略單純局部治療,184顱外PD患者 (7+年)中，18例接受局部治療 (MSKCC經(jīng)驗(yàn))排除CNS PD自局部治療時(shí)間中位TTP：10個(gè)月中位至新的全身治療時(shí)間：22個(gè)月中位OS：41個(gè)月,Yu HA, et al. 2012 ASCO Abstract 7527.,Politi K, et al. Clin Cancer Res. 2015 May 15;21(10):2213-20.,病例符合目前肺癌治療的模式：檢測

7、——用藥——耐藥——檢測——用藥調(diào)整循環(huán),15,不同失敗模式的生存分析,Yang JJ, et al. Lung Cancer. 2013 Jan;79(1):33-9.,病例,患者，女性，53歲，“確診肺癌5月，反復(fù)咳嗽半年余加重1月” 于 2016-2-19入院。2015-8-26至浙一醫(yī)院就診，查胸部CT增強(qiáng)（2015-8-31）示：左肺占位，腫瘤考慮，兩肺感染，左側(cè)胸腔積液。頭顱MRI示：左側(cè)枕葉結(jié)節(jié)灶，轉(zhuǎn)移瘤考慮。

8、骨ECT（2015-8-31）示：左4前肋骨代謝局限性略活躍，L5椎體骨質(zhì)代謝活躍，建議行腰椎MRI。腹部CT（2015-8-31）示：左腎中級占位。 臨床 診斷：左肺癌伴顱腦及骨轉(zhuǎn)移2015-9-15排除禁忌后行CT引導(dǎo)下肺部穿刺，病理提示：腺癌。TTF-1(+),P63(-),NapsinA(+),ALK-lung(-),CK7(+),CK5/6(-),Ki-67(+) 。基因檢測（2015-9-23）示：EGFR21外顯子發(fā)現(xiàn)

9、突變（L858R）。2015-9-25開始口服易瑞沙 0.25g po qd 靶向治療。,2016-1-27 CT引導(dǎo)下肺腫物穿刺活檢,NGS測序結(jié)果,2016-1-30起靶向藥物治療：吉菲替尼 （250MG 口服 QD）+依維莫斯 （10MG 口服 QD）,2016-1-16,2016-2-19,2016-4-1,小結(jié)：EGFR-TKI獲得性耐藥的治療策略,,,NGS,小結(jié),內(nèi)容：NGS指導(dǎo)下EGFR突變型TKI 耐藥患者的治療

10、NGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用,Cancer is a disease of …,Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting,,癌癥是一種……的疾病?,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,以雜交捕獲法為基礎(chǔ)的二代基因測序法可作為預(yù)測抗PD-1

11、/PD-L1治療黑色素瘤療效的標(biāo)記物,Introduction,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,簡介在進(jìn)展期黑色素瘤患者中，抗PD-1治療有30-45%的有效率；反應(yīng)可能持續(xù)存在；較難辨別有效人群；因此需要有效預(yù)測標(biāo)記物。,Candidate biomarkers for anti-PD-1/PD-L1,Presented By Douglas

12、Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,抗PD-1/PD-L1的候選標(biāo)記物,克隆性增殖，突變或新的抗原,Aims,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,目標(biāo)：假設(shè)：小片段基因能精確地代替基因突變負(fù)荷以雜交捕獲法為基礎(chǔ)的二代基因測序法檢測236-315個(gè)基因編碼區(qū)序列 —突變負(fù)荷和特殊突變與臨床結(jié)果的相關(guān)性

13、 —與全外顯子測序所得突變負(fù)荷相比較T細(xì)胞受體測序與結(jié)果的相關(guān)性,Methods,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,,方法：,Mutation load and response,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,突變負(fù)荷和反應(yīng),Mutation load and

14、 response,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,突變負(fù)荷和反應(yīng),Mutation load and response,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,突變負(fù)荷和反應(yīng),Mutation load and survival,Presented By Douglas Johns

15、on at 2016 ASCO Annual Meeting,突變負(fù)荷和生存率,Specific mutations,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,特定突變,Specific mutations,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,特定突變,Mutation load comp

16、arisons,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,突變負(fù)荷比較,Mutation load and survival in unselected patients,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,在未選擇患者中的突變負(fù)荷及生存率,在未選擇患者中突變負(fù)荷與生存率無關(guān),TCR cl

17、onality,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,TCR克隆,Potential implications,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting,潛在臨床價(jià)值及意義,Conclusions,Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annua

18、l Meeting,結(jié)論二代雜交捕獲法為基礎(chǔ)的NGS檢測突變負(fù)荷與抗PD-1/PD-L1療效相關(guān)236-315個(gè)基因突變負(fù)荷的檢測結(jié)果與全外顯子測序結(jié)果一致通過此法檢測突變負(fù)荷可能有助于臨床的治療決策和預(yù)測療效。,正在進(jìn)行的工作：,內(nèi)容：NGS指導(dǎo)下EGFR突變型TKI 耐藥患者的治療NGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用,ctDNA PPV vs. tissue bi

19、opsy (NSCLC, CRC, Breast, Others),Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting,背景：,Serial Next Generation Sequencing (NGS) of cell free DNA (cfDNA) reveals clonal evolution of AKT1 E17K mutant tumors: analyses fr

20、om patients enrolled on a phase I basket study of an AKT inhibitor (AZD5363),Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,血漿游離DNA（cfDNA)的NGS揭示AKT1 E17K突變腫瘤的克隆演變：一項(xiàng)AKT抑制劑（AZD5363）I期籃子研究的患者分析,Background – Targeta

21、ble Driver Oncogenes,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,背景 靶向驅(qū)動(dòng)致癌基因大量的腫瘤基因型分析已顯著提高了腫瘤驅(qū)動(dòng)基因的認(rèn)識，其中一部分已成為靶向基因其中一個(gè)驅(qū)動(dòng)基因，AKT1 E17K突變 —反復(fù)的（~2%），人類癌癥的致癌事件 —一項(xiàng)研究治療意義的I期籃子研究正在進(jìn)行中，其中一種pan-AKT抑

22、制劑（AZD5363）的靶向治療具有較好的前景 —當(dāng)然，目前還不清楚是否同時(shí)存在其他突變，導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞對AKT1 E17K依賴的改變。,Background- Liquid biopsies,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,背景 液體活檢對腫瘤發(fā)展及耐藥產(chǎn)生的理解很大程度上依賴于取得新鮮腫瘤組織而單個(gè)病灶的活檢存在很多挑戰(zhàn)（異質(zhì)性，

23、局限的可行性，侵襲性以及價(jià)格昂貴）都可能被液體活檢克服[腫瘤來源的血漿游離DNA],Background- Liquid biopsies,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,檢測腫瘤基因組的改變發(fā)現(xiàn)疾病基因組的復(fù)雜性（異質(zhì)性）監(jiān)測治療中的腫瘤動(dòng)力學(xué)追蹤現(xiàn)實(shí)中耐藥機(jī)制的演變（監(jiān)測分子性疾病）,背景 液體活檢,Objectives,Presented

24、By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,目標(biāo)在基因富集（含有AKT1 E17K突變）的人群中，正在接受靶向治療，嘗試運(yùn)用cfDNA以：1.發(fā)現(xiàn)及追蹤AKT1 E17K突變2.描述具有AKT1 E17K突變的腫瘤中同時(shí)發(fā)生的突變3.監(jiān)測分子耐藥機(jī)制的演變，通過 —平行追蹤所有腫瘤突變 —辨別新近獲得的突變的出現(xiàn),Study design,Presente

25、d By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,研究設(shè)計(jì)前瞻性，單中心，相關(guān)性研究合適的患者 —AKT1 E17K突變陽性的實(shí)體腫瘤 —入組參加AZD5363的1期多中心籃子研究，一種口服的催化性pan-AKT抑制劑，作用于AKT1突變的進(jìn)展期實(shí)體腫瘤（NCT01226316） -已知具有RAS/RAF突變的腫瘤患者被排除

26、 -根據(jù)RECISTv1.1標(biāo)準(zhǔn)定義，具有可測量病灶,Study Schema,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,研究綱要,Sample Collection,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,血樣本收集,Patient demographics,Presented By

27、 Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,患者統(tǒng)計(jì)學(xué)資料,AKT1 E17K detected and monitored in cfDNA by ddPCR,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,在22/25個(gè)（88%）患者中， ddPCR檢測到AKT1在D21，AKT1的減少預(yù)示PFS 的升

28、高,以ddPCR檢測及監(jiān)控cfDNA中的AKT1 E17K,AKT1追蹤腫瘤反應(yīng) 持續(xù)的（≥21天）AKT1清除 與持續(xù)的RECIST反應(yīng)相關(guān)（P=0.025）,AKT1 mutant allele fraction (MAF) in cfDNA highly concordant between ddPCR and NGS,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annua

29、l Meeting,cfDNA的AKT1突變等位基因分?jǐn)?shù)（MAF）在ddPCR和NGS中高度一致,NGS of Pre-treatment cfDNA (n=25) captured tumor heterogeneity,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,治療前cfDNA（n=25）的NGS發(fā)現(xiàn)腫瘤異質(zhì)性在8個(gè)（38%）病人中檢測到17種額外的改變（共21

30、個(gè)病人具有可比較的治療前腫瘤）發(fā)現(xiàn)3個(gè)（12%）病人中同時(shí)出現(xiàn)了相關(guān)的突變（ARAF，RAF1，KRAS），但是所有都對藥物治療沒有反應(yīng),Slide 13,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,治療前最常見的突變基因,NGS of Longitudinal cfDNA (n=23) detected new mutations during disease pro

31、gression,Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting,在疾病進(jìn)展期間，縱向血漿游離DNA（n=23）的NGS檢測到新突變,未發(fā)現(xiàn)一致的耐藥改變—可能是由于入選的腫瘤類型較多,在AKT中未發(fā)現(xiàn)第二種突變,在治療中，9個(gè)（39%）患者出現(xiàn)了13種突變,結(jié)果：,,NGS of Longitudinal cfDNA (n=23) revealed clonal evoluti

32、on,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,縱向血漿游離DNA（n=23）的NGS發(fā)現(xiàn)克隆演變平行追蹤多種突變提示在疾病進(jìn)展期間存在不同的克隆模式，15（65%）患者中為一致，3（13%）患者中為不一致,結(jié)果：,Pre-treatment cfDNA captured tumor heterogeneity,Presented By Lillian Smyth

33、at 2016 ASCO Annual Meeting,治療前的cfDNA發(fā)現(xiàn)腫瘤異質(zhì)性,Conclusions,Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting,結(jié)論在這項(xiàng)探索性研究中，對通過基因panel捕獲的cfDNA進(jìn)行二代測序是可行的，并且與ddPCR得到的結(jié)果高度一致發(fā)現(xiàn)疾病異質(zhì)性能夠監(jiān)測腫瘤克隆動(dòng)力學(xué)/發(fā)現(xiàn)克隆演變/突出反應(yīng)的不同模式辨別在治療過程中獲

34、得的或富集的潛在相關(guān)的基因組改變?yōu)榍捌诜肿影邢蛩幬锏难邪l(fā)提供了一種有效方法。,內(nèi)容：NGS指導(dǎo)下EGFR突變型TKI 耐藥患者的治療NGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用,二代基因測序在未治療、轉(zhuǎn)移性EGFR突變肺癌中發(fā)現(xiàn)并發(fā)的基因改變,[TITLE],二代基因測序膽管腫瘤揭示腫瘤體系變異和化療耐藥性的聯(lián)系,二代基因測序膽管腫瘤揭示腫瘤體系變異和化療耐藥性的聯(lián)系,TP53, CDK

35、 N2A, ARID1A基因突變,[TITLE],對主要的中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤進(jìn)行二代基因測序，作為個(gè)體化治療腫瘤研究項(xiàng)目的一部分，發(fā)現(xiàn)與靶向抑制劑治療敏感性相關(guān)的變異,對主要的中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤進(jìn)行二代基因測序，作為個(gè)體化治療腫瘤研究項(xiàng)目的一部分，發(fā)現(xiàn)與靶向抑制劑治療敏感性相關(guān)的變異,Slide 1,BRCA1/2陰性的乳腺及卵巢腫瘤家族的二代基因測序,BRCA1/2陰性的乳腺及卵巢腫瘤家族的二代基因測序,[TITLE],二代基因測序發(fā)現(xiàn)

36、年輕口腔腫瘤患者的易感胚系突變,二代基因測序發(fā)現(xiàn)年輕口腔腫瘤患者的易感胚系突變,[TITLE],進(jìn)展期腫瘤患者血漿游離DNA的超深度二代基因測序,進(jìn)展期腫瘤患者血漿游離DNA的超深度二代基因測序,總結(jié)：腫瘤動(dòng)態(tài)變異帶來巨大的個(gè)體化差異,,總結(jié)：腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療進(jìn)入以患者為中心的全程管理的時(shí)代,管理疾病 疾病的發(fā)生發(fā)展和治療過程中呈現(xiàn)出的異質(zhì)性管理患者 個(gè)體遺傳的異質(zhì)性導(dǎo)致發(fā)生、療效和副反應(yīng)不同管理信息 從醫(yī)生的角度看 整合信息，