醫(yī)學(xué)信息的獲取-08

1、1,醫(yī)學(xué)信息的獲取、利用,廣義的信息指的是客觀世界中各種事物的存在方式和它們的運(yùn)動(dòng)狀態(tài)的反映。 通俗講，信息就是客觀世界一切事物存在和運(yùn)動(dòng)所能發(fā)出的各種信號(hào)和消息。 狹義的信息指的是能反映事物存在和運(yùn)動(dòng)差異的、能為某種目的帶來(lái)有用的、可以被理解或被接受的消息、情況等。Information 一詞理解為狹義的信息時(shí)，常被譯為情報(bào)。,2,信息無(wú)所不在，可以感知，但它不是事件和物質(zhì)本身，信息是客觀事物的存在方式或運(yùn)動(dòng)狀態(tài)，以及

2、關(guān)于客觀事物存在方式或運(yùn)動(dòng)狀態(tài)的陳述。信息是原料，經(jīng)過(guò)人類的認(rèn)識(shí)活動(dòng)， 成為已知的知識(shí)。,3,第一節(jié) 概述一、掌握信息檢索技術(shù)的意義1 提高科研起點(diǎn)，減少重復(fù)勞動(dòng)2 節(jié)約時(shí)間，提高效率3 減少語(yǔ)言障礙，擴(kuò)大文獻(xiàn)檢索范圍 無(wú)論什么語(yǔ)言，如果公開(kāi)發(fā)表，均有英文摘要二、信息（information）與知識(shí)（knowledge）信息、物質(zhì)和能量構(gòu)成了現(xiàn)代社會(huì)的三大資源。物質(zhì)資源：提供各種各樣的材料；能量資源：提供形形色

3、色的動(dòng)力；信息資源：提供浩如煙海的知識(shí)；,4,信息是知識(shí)的來(lái)源。信息資源形式：1 紙質(zhì)文獻(xiàn)型信息：手稿、原始記錄、病歷檔案等。2 電子數(shù)字型信息：通過(guò)計(jì)算機(jī)閱讀的，數(shù)字化形式 存儲(chǔ)在介質(zhì)上的信息及網(wǎng)絡(luò)信息。3 視聽(tīng)型信息：照片、電影拷貝等4 縮微型信息：5 實(shí)物型信息：樣品、樣機(jī)等6 傳播性信息：口頭交流、傳聞等7 主體性信息：以教育為手段形成的個(gè)人知識(shí)或技能,5,三、信息檢索的類型1 數(shù)據(jù)檢索：指數(shù)值性數(shù)據(jù)（

4、人口數(shù)據(jù)）和 符號(hào)組成的代碼（化學(xué)分子結(jié)構(gòu)圖）。2 事實(shí)檢索：指能提供各種事實(shí)的直接信息 的檢索，如癌癥類型標(biāo)準(zhǔn)、診斷和治療標(biāo) 準(zhǔn)等。3 文獻(xiàn)檢索：文獻(xiàn)的標(biāo)題、文摘、作者、分 類號(hào)、主題詞或關(guān)鍵詞、文獻(xiàn)出處，甚至 是文獻(xiàn)全文存儲(chǔ)在計(jì)算機(jī)中，形成的信息 資料。,6,四、文獻(xiàn)的來(lái)源和種類（一）科學(xué)文獻(xiàn)：圖書、期刊、科技報(bào)告、政府出版物、學(xué)位論文、專利文獻(xiàn)、標(biāo)準(zhǔn)文獻(xiàn)；（二）學(xué)術(shù)會(huì)議；（三）個(gè)人交流

5、；（四）國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)：MEDLINE、SCI收錄檢索等。,7,五、文獻(xiàn)的級(jí)別（1） 一次文獻(xiàn)（情報(bào)源）：期刊論文（論著、論 著摘要、經(jīng)驗(yàn)交流、病例報(bào)道、實(shí)驗(yàn)方法 等）、科技報(bào)告、學(xué)位論文、專利說(shuō)明書、 會(huì)議論文。（2） 二次文獻(xiàn)（檢索工具）：對(duì)一次文獻(xiàn)加工整 理而成。各種目錄、題錄、索引、文摘。（3） 三次文獻(xiàn)：在利用二次文獻(xiàn)的基礎(chǔ)上，對(duì)

6、一 次文獻(xiàn)進(jìn)行篩選、綜合而成。如評(píng)論、手 冊(cè)、綜述、教科書等。,8,六、文獻(xiàn)的特點(diǎn)（1） 數(shù)量龐大，增長(zhǎng)迅速；（2） 文種增多；（3） 載體多樣化；（4） 內(nèi)容既重復(fù)又分散；（5） 質(zhì)量下降，壽命縮短；（6） 交流傳播速度加快；,9,七、文獻(xiàn)檢索的方法 順查法、逆查法、追溯法（綜述法）、分段法八、文獻(xiàn)檢索的手段 手工檢索、計(jì)算機(jī)檢索九、文獻(xiàn)檢索的途徑

7、 分類途徑、主題途徑、關(guān)鍵詞途徑、著者十、文獻(xiàn)檢索的步驟（1）分析研究課題，明確要求；（2）確定檢索標(biāo)志；（3）選擇檢索手段；（4）選擇檢索方法和途徑；（5）查找和索取原文；,10,第二節(jié) 文獻(xiàn)信息的組織及常用檢索工具的使用,一、文獻(xiàn)信息檢索語(yǔ)言（一）描述文獻(xiàn)外表特征的檢索語(yǔ)言1. 文獻(xiàn)題名索引系統(tǒng)：以書名、刊名等為標(biāo)示的字順序索引系統(tǒng)，如書名、刊名目錄。2. 著者索引系統(tǒng)：以文獻(xiàn)署名作為標(biāo)示的字順序索引系統(tǒng)，如著者

8、目錄、專利人索引等。3. 文獻(xiàn)序號(hào)索引系統(tǒng)：以文獻(xiàn)的特有序號(hào)為標(biāo)示的索引系統(tǒng)，如專利號(hào)索引，技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)號(hào)索引等。4. 引文索引系統(tǒng)：以科學(xué)文獻(xiàn)所附參考文獻(xiàn)為特征的索引系統(tǒng)，如美國(guó)SCI、《中國(guó)科學(xué)引文索引》。,11,（二）按構(gòu)成原理描述文獻(xiàn)內(nèi)容特征的檢索語(yǔ)言1. 分類檢索語(yǔ)言：常用的為等級(jí)體系分類系統(tǒng)，如《中圖法》、《國(guó)際十進(jìn)制分類法》（UDC）。2.代碼檢索語(yǔ)言：如美國(guó)《化學(xué)文摘》中的化合物分子式索引系統(tǒng)。,12,（二）按構(gòu)成

9、原理描述文獻(xiàn)內(nèi)容特征的檢索語(yǔ)言分類3.主題檢索語(yǔ)言：主題詞法和關(guān)鍵詞法 主題詞法（subject headings）或敘詞法（discriptor）：所采用的詞語(yǔ)較嚴(yán)格、規(guī)范，常用的是美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）《醫(yī)學(xué)主題詞表》（medical subject headings，MeSH）； 主題詞常與副主題詞聯(lián)合使用，以提高檢索效率。 關(guān)鍵詞法（keyword index）也稱主題索引（sub

10、ject index）,13,主題詞（標(biāo)題詞）：指表現(xiàn)文獻(xiàn)內(nèi)容特征，經(jīng)過(guò)規(guī)范化的名詞術(shù)語(yǔ)（包括詞組或短語(yǔ)）。 副主題詞：主題詞表示“事物”，副主題詞表示事物的“方面”，是主題詞的補(bǔ)充和限定。主、副主題詞相結(jié)合可提高檢索的專指度。 關(guān)鍵詞：指那些出現(xiàn)在文獻(xiàn)題目、摘要及正文部分，對(duì)表現(xiàn)文獻(xiàn)主題內(nèi)容具有實(shí)質(zhì)意義的語(yǔ)詞，一般沒(méi)有規(guī)范化處理，多為科技人員習(xí)慣使用且易接受的自然語(yǔ)言。有些文摘也將關(guān)鍵詞作了必要整理和規(guī)范。,14,主題詞與關(guān)鍵

11、詞的區(qū)別,主題詞與關(guān)鍵詞最大的區(qū)別就是主題詞經(jīng)過(guò)了規(guī)范化處理。 主題詞是規(guī)范化的檢索語(yǔ)言，它對(duì)文獻(xiàn)中出現(xiàn)的同義詞、近義詞、多義詞以及同一概念的不同書寫形式等進(jìn)行嚴(yán)格的控制和規(guī)范，使每個(gè)主題詞都含義明確，以便準(zhǔn)確檢索，防止誤檢、漏檢。如：白介素2、白細(xì)胞介素2、IL2、IL-2等表達(dá)同一概念的不同書寫形式規(guī)范為“白細(xì)胞介素2”。 關(guān)鍵詞是屬于自然語(yǔ)言的范疇，未經(jīng)規(guī)范化處理，也不受主題詞表的控制。如：對(duì)于“白細(xì)

12、胞介素2”這一概念可有白介素2、白細(xì)胞介素2、IL2、IL-2等不同形式來(lái)表達(dá)。,15,主題詞與關(guān)鍵詞的區(qū)別,例如：利用MEDLINE光盤數(shù)據(jù)庫(kù)檢索有關(guān)“肝腫瘤”方面的文獻(xiàn)。 MEDLINE光盤數(shù)據(jù)庫(kù)既提供了主題詞途徑，也提供了自由詞（關(guān)鍵詞）途徑。如果選擇關(guān)鍵詞途徑來(lái)進(jìn)行檢索，欲達(dá)到較高的查準(zhǔn)率和查全率，就得查找“l(fā)iver cancer”、“l(fā)iver carcinoma”、“l(fā)iver neoplasm”、“l(fā)ive

13、r tumor”、“hepatic cancer”、“hepatic carcinoma”、“hepatic neoplasm”、“hepatic tumor”等詞，另外還得考慮像cancer、carcinoma、neoplasm、tumor等詞還有復(fù)數(shù)形式；而如果選擇主題詞途徑進(jìn)行檢索就只需查找“l(fā)iver neoplasms”一詞就行了，這一詞就包括了以上所提及的不同的表達(dá)形式。 由此可見(jiàn)，選用主題詞途徑檢索，既能滿足

14、較高的查準(zhǔn)率、查全率，又能提高檢索速度,16,二、圖書館藏書的利用 圖書館的現(xiàn)刊、過(guò)刊基本上都是按刊名順序排列，中文期刊按刊名的漢語(yǔ)拼音或筆畫筆形排列，外文期刊一般按各文種的刊名在順序排列。 中外文圖書通常是按學(xué)科分類，依據(jù)是圖書分類法；,17,《中圖法》有22個(gè)基本大類，其中“R醫(yī)藥、衛(wèi)生”類又下分17個(gè)二級(jí)類目,18,三、參考工具書的使用（一）參考工具書的排檢方法1 字順排檢法：部首法、筆畫法、號(hào)碼法、標(biāo)音法

15、、英文 以字母順序。2 內(nèi)容類序法：如《中國(guó)醫(yī)學(xué)百科全書》按社會(huì)醫(yī)學(xué)與衛(wèi) 生管理學(xué)、醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)、兒少衛(wèi)生學(xué)、流行病學(xué)等編排。（二）參考工具書的類型 詞（辭）典、字典、百科全書、年鑒、手冊(cè)、圖錄表譜及名錄等。四、特種文獻(xiàn)檢索 科技報(bào)告檢索、專利文獻(xiàn)檢索、技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)檢索、會(huì)議文獻(xiàn)檢索、學(xué)位論文檢索、政策性信息及統(tǒng)計(jì)資料等的檢索。,19,第三節(jié) 光盤數(shù)據(jù)庫(kù)檢索,一、MEDLINE 光盤數(shù)據(jù)庫(kù)檢索（一

16、）檢索途徑與方式1. Search檢索（1）基本檢索一個(gè)單詞或詞組，如：kidney或gastrointestinal infection；用逗號(hào)隔開(kāi)的多個(gè)詞，如：stomach，kidney，liver；用連號(hào)“-”連接的短語(yǔ)或詞組，如：kidney-shaped；帶通配符“ * ” “ ？”的詞，如：kionecto*或kidole？y；檢索史的序號(hào)，如#11；帶布爾運(yùn)算符及位置運(yùn)算符的表達(dá)式，如pig and d

17、og，F(xiàn)rancis in au；主題詞與副主題詞的組合表達(dá)式，如cancer/etiology；人工限定表達(dá)式，如human in TI；(TI、AB、AD、AU、SO、MeSH),20,（2）Suggest 檢索當(dāng)一般檢索不能滿足需要時(shí)可使用Suggest檢索。在此方式檢索時(shí)，輸入檢索詞gastric后，系統(tǒng)自動(dòng)打開(kāi)一個(gè)窗口，該窗口提供一組主題詞，并建議出一個(gè)最相關(guān)的詞進(jìn)行檢索，選詞結(jié)束后，點(diǎn)擊“Search”按扭，系統(tǒng)自動(dòng)提

18、供副主題詞，檢索者根據(jù)需要點(diǎn)擊一個(gè)或多個(gè)副主題詞后，點(diǎn)擊“OK”即可。（3）Limit檢索在Search檢索狀態(tài)下，輸入檢索詞后，點(diǎn)擊“Limit”按扭，對(duì)檢索詞進(jìn)行：出版年限、出版國(guó)家、語(yǔ)種、出版類型等的限定，然后點(diǎn)擊“OK”即可。（4）橫向檢索（Lateral Searching）檢索者在瀏覽已檢索出的文獻(xiàn)記錄時(shí)，如果發(fā)現(xiàn)一些同義詞或相關(guān)術(shù)語(yǔ)，可將該詞標(biāo)記，并點(diǎn)擊記錄顯示區(qū)下方的“Add to Search”按扭，該詞自動(dòng)顯

19、示在檢索區(qū)，然后再點(diǎn)擊“Search”即可。,21,2. Index檢索（索引詞表檢索）在Search狀態(tài)下，輸入檢索詞，點(diǎn)擊“Index”按扭，系統(tǒng)自動(dòng)提供一些組合詞，再按住“Ctrl”鍵，同時(shí)標(biāo)記多個(gè)索引作為檢索式，檢索時(shí)，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)將這些索引以“OR”連接并輸出檢索結(jié)果。3. Thesaurus 檢索(MeSH詞檢索)是查準(zhǔn)率最高的一種檢索點(diǎn)擊“Thesaurus”，在其右測(cè)空白欄輸入檢索主題詞，點(diǎn)擊“Look up”按扭，

20、亮光帶出現(xiàn)在相關(guān)詞表中該詞的位置，檢索者（1）可以根據(jù)需要調(diào)整主題詞，點(diǎn)擊Search Options欄內(nèi)的“Single Term”（執(zhí)行單一主題詞檢索）；再點(diǎn)擊“Search Now”按扭，系統(tǒng)彈開(kāi)副主題詞選項(xiàng)對(duì)話窗，選擇副主題詞后，點(diǎn)擊“OK”即可。 （2）可不調(diào)整主題詞，點(diǎn)擊Search Options欄內(nèi)的“explode”（執(zhí)行擴(kuò)展主題詞檢索）；,22,二、《中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)》光

21、盤數(shù)據(jù)庫(kù)檢索（Chinese Biomedical Disc,CBMDisc）(一)檢索途徑與檢索方法1. 基本檢索（1）選擇檢索字段“關(guān)鍵詞”；（2）輸入關(guān)鍵詞，如：腫瘤，檢索式為“TW=腫瘤”；（3）點(diǎn)擊“檢索”按扭，檢索策略顯示為：#1 787 TW=腫瘤；（4）點(diǎn)擊“顯示”按扭，即可顯示787篇文獻(xiàn)的全部信息。2. 高級(jí)檢索使用布爾邏輯運(yùn)算符和限定運(yùn)算符進(jìn)行檢索。3. 主題詞檢索（1）點(diǎn)擊“主題詞”按扭

22、；（2）輸入提問(wèn)詞；（3）點(diǎn)擊“檢索”按扭，顯示主題詞表的局部；（4）選擇規(guī)范主題詞，即可將該主題詞或其全部下位詞的文獻(xiàn)檢出來(lái)。4. 分類檢索；5. 期刊檢索；,23,（二）提高檢索的查全率和查準(zhǔn)率1 提高查全率（1）多采用主題詞與關(guān)鍵詞相結(jié)合的檢索；（2）多用同義詞進(jìn)行“OR”運(yùn)算檢索；（3）主題詞檢索中多用擴(kuò)展檢索，最后使用全部副 主題詞；2 提高查準(zhǔn)率（1）主題詞組配副主題詞進(jìn)行檢索；（2

23、）字段限定檢索；（3）用AND或AND NOT限定檢索；（4）用出版年月、期刊名稱、文獻(xiàn)類型等限定檢索；,24,三、中國(guó)學(xué)術(shù)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索（一）初級(jí)檢索1. 在檢索界面選擇檢索字段，輸入檢索詞；2. 選擇檢索的年份；3. 選擇檢出文獻(xiàn)排序方式：不排序、按相關(guān)程度排序及按更新日期排序；4. 在“總目錄-醫(yī)藥衛(wèi)生專集”下的分目錄中選擇想要檢索的學(xué)科范圍后，點(diǎn)擊“檢索”按扭即可；（二）高級(jí)檢索1 在“總目錄”中選擇檢索

24、范圍；2 可以指定多個(gè)檢索字段，每個(gè)字段可以分別指定相應(yīng)的檢索詞，并通過(guò)邏輯運(yùn)算符將表達(dá)式相連；3 指定檢索年限；4 指定檢索結(jié)果的排序方式；5 點(diǎn)擊“檢索”按扭，系統(tǒng)會(huì)在右邊顯示出符合要求的所有文獻(xiàn)的篇名；6 瀏覽檢索出的篇名，點(diǎn)擊滿意的文獻(xiàn)，將顯示出相應(yīng)文獻(xiàn)的文獻(xiàn)題錄；7 如果想閱讀全文，點(diǎn)擊題錄中的“原文”連接即可；,25,四、BA on CD數(shù)據(jù)庫(kù)（生物學(xué)文摘）五、CA on CD 數(shù)據(jù)庫(kù)（化學(xué)文摘）六、EI數(shù)據(jù)

25、庫(kù)（工程索引）七、SCI數(shù)據(jù)庫(kù)（Science Citation Index- Compact Disc Edition）八、《中國(guó)科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(kù)》（Chinese Science Citation Database,CSCD）,26,第四節(jié) 網(wǎng)上醫(yī)學(xué)信息的獲取,一、PubMed 檢索（一）檢索功能1. 組配檢索：如，Yao K AND cancer ;2.提問(wèn)詞的自動(dòng)轉(zhuǎn)換：當(dāng)用戶輸入的檢索詞后，

26、系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)在 主題詞表、期刊名表、短語(yǔ)一覽表及作者索引中查詢與該檢 索詞相匹配的形式；3.著者姓名的自動(dòng)截詞檢索；4.限制條件檢索：可以限定字段、文獻(xiàn)類型、文種等；5.預(yù)檢索：點(diǎn)擊“Previews/Index”按扭，只顯示命中文獻(xiàn)的篇數(shù) 而不直接顯示檢出的文獻(xiàn)記錄；,27,（二）檢索結(jié)果中相關(guān)資料的獲取1. 聯(lián)機(jī)獲取論文全文：在檢索結(jié)果界面點(diǎn)擊“Display” 按扭，選擇“Abstract”、

27、 “ Citation”、 “ Linkout” 來(lái)獲取其相關(guān)超鏈，并由此聯(lián)機(jī)獲取全文；2. 通過(guò)點(diǎn)擊“Order”按扭，向NLM索取論文原文；3. 通過(guò)“Linkout”格式獲取與記錄相關(guān)的其它資源；4. 獲取其它數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)信息：在“Display”菜單中的 “Protein Links”、”Nucleotide Links”格式中獲取相 關(guān)信息；5. 通過(guò)每條記錄的“Related Article”

28、超鏈，擴(kuò)大檢索 范圍，獲取與所選記錄相關(guān)的文獻(xiàn)；,28,第四節(jié) 網(wǎng)上醫(yī)學(xué)信息的獲取,29,二、其他主要醫(yī)學(xué)網(wǎng)站及綜合網(wǎng)站1. Medical World Search2. Medical Matrix3. HealthAtoZ4. MedSite5. MedExplorer6. Med Engine7. HealthGate8. 萬(wàn)方數(shù)據(jù)（http://www.wanfangdata.com.cn）,30,31

29、,,,32,三、醫(yī)學(xué)多媒體信息（一）虛擬醫(yī)院（Virtual Hospital）http://www.vh.org/（提供各類醫(yī)學(xué)圖書）（二）可視人計(jì)劃（The Visible Human Project）http://www.nlm.nih.gov/extramural-research.dir/visible-human.html（提供不同部位和層面的圖象資料）（三）全腦圖譜（The Whole Brain Atlas）

30、http://www.med.harvard.edu/AANLIB/home.html（提供正?；蚰X部疾患的核磁、CT等不同斷層的圖象資料，包括正常腦、腦血管疾病、腫瘤、變性病變、炎癥及感染性疾病。）四、遠(yuǎn)程醫(yī)學(xué),33,五、檢索核心期刊（一）國(guó)際期刊Science:http://www.aaas.org/science/science.html 閱讀當(dāng)月文章（二）國(guó)內(nèi)期刊萬(wàn)方數(shù)據(jù)資源系統(tǒng)：http://www.china

31、info.gov.cn,34,六、檢索基因和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)（一）蛋白質(zhì)的氨基酸序列或核苷酸序列http://www2.ncbi.nlm.nih.govEntrez Protein name of protein GO number of protein messages of protein Sequence of Amino acid or Nucleotide（二）顯示蛋白質(zhì)立體結(jié)構(gòu)下載Ra

32、sMol或MAGE等軟件，在NCBI網(wǎng)站：Structure name of protein GO number of protein first choice of Option、Viewer、Complexity Cn3D in Help,,,,,,,,,,,,35,（三）序列分析 對(duì)新發(fā)現(xiàn)的蛋白質(zhì)、基因，或進(jìn)一步了解某一個(gè)蛋白質(zhì)、基因，可通過(guò)有關(guān)服務(wù)系統(tǒng)進(jìn)行各種分析，可通過(guò)E-mai

33、l取得聯(lián)系，進(jìn)行分析。 基因預(yù)測(cè)、原核和真核生物DNA判斷分析、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、蛋白質(zhì)motif檢索等， 有關(guān)網(wǎng)站見(jiàn)書P39,36,七、檢索專利文獻(xiàn)http://www.uspto.gov/patft/index.html 進(jìn)入美國(guó)專利和商標(biāo)局(US Patent & Trademark Office)，采用邏輯檢索方法（Boolean Search）,37,第五節(jié) 信息檢索中