鴨腸炎病毒部分未知基因組的克隆和序列分析.pdf

1、本研究以鴨腸炎病毒 (Duck Enteritis Virus，DEV) 蝕斑純化株DEV Clone-03 的基因組未知序列為主要對象，分別以GenBank中登錄的DEV UL30和UIA5部分基因為起點設(shè)計引物，應(yīng)用“targetedgenewalking”PCR的方法，分別擴增得到DEV Clone-03長5086bp(包括UL31～UL35)和10460bp(UL45～UL50)的基因組核苷酸片段，對每個片段經(jīng)過三次測序，確定最

2、終序列。序列分析發(fā)現(xiàn)，這兩個片段包括12個完整的開放閱讀框(Open Reading Frame，ORF)，與人皰疹病毒-1 型(HerpesSimplex Virus-1，HSV-1)的UL31、UL32、UL33、UL34、UL35及UL45、UL46、UL47、UL48、UL49、UL49.5、UL50基因相似，ORF的排列與HSV-1相一致，據(jù)此對這12個基因進行了相應(yīng)的命名。將這些序列提交到GenBank，登錄號分別為EF20

3、3708和EF492886。 用DNAStar(Megalign)軟件對這12個基因與選取的11株α皰疹病毒參考毒株進行核苷酸和氨基酸的同源性比較，結(jié)果表明鴨瘟病毒這些基因與選取的參考毒株相應(yīng)基因有較高的一致性，但DEVClone-03不同基因與其同源基因的核苷酸和氨基酸的一致性上存在差異。因此可以根據(jù)同源蛋白的功能推測這12個基因編碼的蛋白在病毒DEV DNA中的作用。繪制氨基酸系統(tǒng)發(fā)生進化樹關(guān)系表明DEV Clone-03這