絨山羊Y染色體的BAC篩選、鑒定與序列分析.pdf

1、絨山羊是經(jīng)過若干世紀(jì)的自然選擇與人工選育，逐步分化出的、分布于特定生態(tài)環(huán)境中的山羊品種，具有多種用途及極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，是重要的家畜資源，其所產(chǎn)羊絨稀有而珍貴。但目前，由于絨山羊生存環(huán)境逐步惡化，其生長發(fā)育受到生態(tài)條件制約，良種化程度較低、優(yōu)質(zhì)種羊匱乏，而且羊絨品質(zhì)下降。因此，加強(qiáng)絨山羊優(yōu)良基因的保護(hù)、提高繁殖力、增加羊絨產(chǎn)量、提高羊絨品質(zhì)成為迫切的任務(wù)。
　　雄性絨山羊在繁殖中具有重要的作用，不僅具有繁殖能力，而且產(chǎn)絨量也較高。所

2、以，大力培育良種種公羊勢(shì)在必行。而種公羊的培育和繁殖主要取決于Y染色體上分布的許多與繁殖性狀相關(guān)基因的作用機(jī)制。由于至今還沒有完成山羊Y染色體測(cè)序工作，因此，繁殖相關(guān)基因的作用機(jī)制無法清楚地了解。
　　為此，本研究通過PCR技術(shù)對(duì)絨山羊基因組BAC文庫進(jìn)行了Y染色體序列的篩選、FISH鑒定和測(cè)序組裝及序列分析，主要結(jié)果如下：
　　1.本研究通過PCR技術(shù)從絨山羊基因組BAC文庫中篩選出10個(gè)BAC，經(jīng)克隆測(cè)序和BAC末端測(cè)序

3、比對(duì)初步確定為絨山羊Y染色體BAC。
　　2.利用FISH技術(shù)對(duì)614B22、516O16、405D22及570A194個(gè)BAC進(jìn)行了Y染色體的進(jìn)一步鑒定，從而確定其為Y染色體BAC。
　　3.應(yīng)用軟件對(duì)4個(gè)BAC進(jìn)行測(cè)序拼接，得到contig335個(gè)，其中614B22103個(gè)，516O16135個(gè)，405D2267個(gè)，570A1930個(gè)；scaffold314個(gè)，其中614B2298個(gè)，516O16126個(gè)，405D226

4、2個(gè)，570A1928個(gè)。4個(gè)BAC中516O16最長，405D22最短。
　　4.對(duì)570A19和516O16兩個(gè)BAC部分序列的轉(zhuǎn)錄因子起始位點(diǎn)和結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)，分別得到了4個(gè)和1個(gè)起始位點(diǎn)、多個(gè)結(jié)合位點(diǎn)及轉(zhuǎn)錄結(jié)合因子。
　　5.預(yù)測(cè)到570A19和516O16兩個(gè)BAC具有多個(gè)ORF，而且通過蛋白質(zhì)編碼序列比對(duì)，確定其分別為TSPY和USP9Y蛋白編碼框。
　　6.對(duì)所有編碼框進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)，570A19

5、只預(yù)測(cè)到一個(gè)保守的跨膜螺旋區(qū)域；516O16預(yù)測(cè)到一個(gè)保守的跨膜螺旋區(qū)域和一個(gè)高度保守的結(jié)構(gòu)域-UCH，表明TSPY和USP9Y基因在物種間的保守性較低。
　　7. TSPY和USP9Y蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)顯示，兩種蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)均由多個(gè)α螺旋和β-折疊組成。
　　8. USP9Y基因的進(jìn)化樹表明，絨山羊、牛、人、恒河猴、狐猴等9個(gè)物種間的親緣關(guān)系同其在分類學(xué)中的位置基本一致，其中絨山羊與牛的親緣關(guān)系最近，聚為一類。