海島棉染色體組特異重復(fù)序列的篩選及亞克隆分析.pdf

1、本研究以海島棉基因組為材料，從海島棉Pima90-53BAC文庫中篩選棉屬染色體組特異重復(fù)序列。通過熒光原位雜交驗(yàn)證篩選出來的重復(fù)序列在四倍體海島棉，二倍體亞洲棉、草棉、阿非利加棉、雷蒙德氏棉染色體上的分布情況；將篩選出來的BAC重復(fù)序列構(gòu)建亞克隆，對(duì)其亞克隆的序列進(jìn)行了分析。主要研究結(jié)果如下：
　　 1.從Pima90-53BAC文庫中共篩選了19，200個(gè)克隆，以海島棉有絲分裂中期染色體為靶DNA，將通過菌落原位雜交篩選出來

2、的信號(hào)較強(qiáng)的BAC單克隆作為探針進(jìn)行熒光原位雜交。根據(jù)熒光信號(hào)在海島棉染色體上的分布情況來看，篩選出來的BAC單克隆共有4種，其克隆編號(hào)分別為：428K20、412A11、334E15、216B18。
　　 2.原位雜交結(jié)果表明：428K20在海島棉所有染色體上均產(chǎn)生了雜交信號(hào)，其中在較大染色體（A亞組）上除染色體兩端外其余部分均產(chǎn)生了強(qiáng)烈的雜交信號(hào)，而較小染色體（D亞組）上僅在著絲粒區(qū)域產(chǎn)生明顯的雜交信號(hào)，428K20在亞洲棉

3、所有染色體上除染色體兩端其余部分均產(chǎn)生了很強(qiáng)的雜交信號(hào)，但其在雷蒙德氏棉上卻沒有產(chǎn)生信號(hào)；412A11只在海島棉較大染色體（A亞組）兩端產(chǎn)生雜交信號(hào)，在亞洲棉、草棉、阿非利加棉所有染色體兩端均產(chǎn)生了明顯的雜交信號(hào)，與428K20一樣在雷蒙德氏棉上沒有信號(hào)產(chǎn)生，因此可證實(shí)428k20與412A11均由A基因組特異的重復(fù)序列組成，但428K20還含有一種可轉(zhuǎn)座的因子（序列）。Pima90-53有絲分裂中期染色體以334E15作為探針進(jìn)行熒光

4、原位雜交，其雜交信號(hào)分布情況為：在較大的染色體（A亞組）幾乎整條染色體上都有信號(hào)分布，尤其在染色體中部信號(hào)較強(qiáng)，為典型的較大染色體（A亞組）特異的重復(fù)序列；Pima90-53有絲分裂中期染色體以216B18作為探針，幾乎在所有的染色體上都有信號(hào)分布，其中有6個(gè)較強(qiáng)信號(hào)分布在6條染色體的短臂端部，根據(jù)雜交信號(hào)來看，該BAC克隆主要是含有45SrDNA重復(fù)序列和一種分布于整個(gè)海島棉染色體的散布重復(fù)序列。
　　 3.只對(duì)其中的428K

5、20和412A11分別構(gòu)建了亞克隆文庫。對(duì)亞克隆測序并進(jìn)一步進(jìn)行序列分析。序列比對(duì)結(jié)果顯示：428K20含有陸地棉mGhCIR291、JESPR272、LIB5327-017-A1-N1-D12PS_Gh557類型微衛(wèi)星相關(guān)序列、其大部分序列均為gypsy-類型反轉(zhuǎn)座子(gypsy-likeretrotransposon)，而很可能正是這一類型gypsy反轉(zhuǎn)座子，參加了由較大染色體（A亞組）向較小染色體（D亞組）的入侵過程；412A11