鯉遺傳-物理整合圖譜的構(gòu)建及鯉與斑馬魚的比較作圖.pdf

1、鯉(Cyprinus carpio)在世界水產(chǎn)養(yǎng)殖上是一種重要的養(yǎng)殖品種,年產(chǎn)量已達(dá)340萬噸,占所有淡水水產(chǎn)品的比例高達(dá)14%;鯉在我國有著悠久的養(yǎng)殖歷史,并且還具有一定的文化意義;除此之外,鯉還可以作為觀賞魚。近年來,國內(nèi)外研究者在鯉的遺傳學(xué)和基因組學(xué)方面開展了廣泛的研究,比如開發(fā)大量分子標(biāo)記、構(gòu)建低、中等密度的遺傳連鎖圖譜、重要經(jīng)濟(jì)數(shù)量性狀位點的定位、構(gòu)建大片段基因組文庫、末端測序以及構(gòu)建物理圖譜等。但是鯉較高密度的遺傳連鎖圖譜、

2、遺傳—物理整合圖譜構(gòu)建工作還沒有完成。本論文的目的就是要建立鯉較高密度的遺傳連鎖圖譜以及遺傳—物理整合圖譜;另外,還通過比較基因組學(xué)手段對鯉與斑馬魚進(jìn)行了比較作圖,最終將鯉較高密度的遺傳連鎖圖譜、鯉物理圖譜和斑馬魚的全基因組圖,三者有機(jī)的結(jié)合在了一起。通過本研究,以期豐富鯉的基因組學(xué)和比較基因組學(xué)方面的研究并且用于驗證鯉全基因組測序和組裝結(jié)果。具體研究結(jié)果如下:
　　1、從鯉物理圖譜中選擇較大的230個重疊克隆群(contig),

3、從每個contig的BAC末端序列里分別查找微衛(wèi)星并設(shè)計微衛(wèi)星引物2-3對。一共設(shè)計了629對BAC錨定(BAC-anchored)微衛(wèi)星引物,其中550對引物有擴(kuò)增產(chǎn)物;226對有效擴(kuò)增的引物是多態(tài)的,并且在作圖群體中進(jìn)行了基因分型。
　　2、通過將黑龍江水產(chǎn)研究所隨機(jī)開發(fā)的664個微衛(wèi)星和5000個SNP側(cè)翼序列與鯉物理圖譜上BAC末端序列數(shù)據(jù)庫的比對,發(fā)現(xiàn)有40個微衛(wèi)星以及137個SNP是屬于BAC關(guān)聯(lián)(BAC-associ

4、ated)標(biāo)記。
　　3、一共使用了1359個標(biāo)記分型結(jié)果進(jìn)行遺傳連鎖圖的連鎖分析(包括新開發(fā)的226個BAC-anchored微衛(wèi)星分型結(jié)果、原先開發(fā)的332個BAC-anchored微衛(wèi)星分型結(jié)果、黑龍江水產(chǎn)研究所開發(fā)的664個微衛(wèi)星分型結(jié)果和137個BAC-associated SNP分型結(jié)果),JoinMap4.0軟件連鎖分析后,得到的鯉遺傳連鎖圖譜上一共有1209個標(biāo)記分布于50個連鎖群上。遺傳連鎖圖譜長度為3565.9

5、 cM,每個連鎖群長度范圍是17.3-126.7cM,標(biāo)記間平均間隔為3.077cM。
　　4、所有的BAC-anchored及BAC-associated的標(biāo)記共計有620個作為錨定點,將遺傳連鎖圖譜與物理圖譜聯(lián)系在一起,達(dá)到了整合的目的。遺傳—物理整合圖譜上一共有463個物理圖譜的contig(其中新開發(fā)微衛(wèi)星標(biāo)記整合了166個最大的contig)和88個物理圖譜的單個克隆,共計498.75Mb的物理長度(其中新開發(fā)的微衛(wèi)星標(biāo)

6、記共整合了258.28Mb),約占鯉全基因組大小的30%。
　　5、通過Blastn比對發(fā)現(xiàn),鯉遺傳連鎖圖譜上的1209個標(biāo)記中有597個標(biāo)記可以定位到斑馬魚基因組(ZV9)上,并且鯉相應(yīng)的兩個連鎖群上幾乎所有的同源標(biāo)記都位于斑馬魚相對應(yīng)的一條染色體上,這很好的證明了鯉染色體與斑馬魚染色體2:1的比例,即鯉比斑馬魚多經(jīng)歷了一輪全基因組復(fù)制現(xiàn)象。
　　6、通過Blastn比對發(fā)現(xiàn),整合的463個物理圖譜contig中有442個