水稻新型潛在冷調(diào)節(jié)蛋白的生物信息學(xué)預(yù)測與分析.pdf

1、作物冷害的發(fā)生范圍在世界上分布很廣，各種類型冷害的出現(xiàn)，往往造成糧食大幅度減產(chǎn)。隨著世界糧食危機的爆發(fā)和全球氣候異常等問題的出現(xiàn)，冷害問題正越來越受到各國政府的重視。因此，植物對低溫的抗性，一直都是人們研究的熱點。隨著人們對植物抗寒的分子機制認識不斷深入，人們已經(jīng)知道植物的抗寒機制是：表達抗寒基因從而產(chǎn)生抗寒蛋白，依靠這些抗寒蛋白減少低溫環(huán)境對植物的傷害。冷調(diào)節(jié)蛋白就是一種可在冷脅迫環(huán)境下有效保護植物機體的抗寒蛋白。冷調(diào)節(jié)蛋白的蛋白結(jié)構(gòu)

2、一般具有如下特征：一級結(jié)構(gòu)富含親水性的氨基酸，二級結(jié)構(gòu)以α-螺旋為主等。一種蛋白如果具有這些結(jié)構(gòu)特點，就決定了其具有親水性、流動性以及熱穩(wěn)定性。所以以上結(jié)構(gòu)特征可以作為判斷一種蛋白是否是潛在的冷調(diào)節(jié)蛋白家族成員的依據(jù)之一。但是，冷調(diào)節(jié)蛋白是一類高級結(jié)構(gòu)多元化、種類繁多的多基因家族，很難單憑幾種簡單的結(jié)構(gòu)特征就能判斷一種蛋白是否屬于冷調(diào)節(jié)基因家族的成員，所以新型冷調(diào)節(jié)蛋白的發(fā)掘一直以來都是一個難題。本文運用生物信息學(xué)方法，用已知的冷調(diào)節(jié)蛋

3、白作為電子探針，預(yù)測出16種水稻新型潛在冷調(diào)節(jié)蛋白，并且使用NCBI-conserveddomains、SWISS-MODEL和ExPASYProtParamtool等在線軟件預(yù)測它們的功能結(jié)構(gòu)域和二、三級結(jié)構(gòu)以及氨基酸組成，對其作為冷調(diào)節(jié)蛋白潛在家族成員的真實性、可靠性做出理論上的判斷。分析表明，這16種水稻新型潛在冷調(diào)節(jié)蛋白，符合冷調(diào)節(jié)蛋白的一些基本的結(jié)構(gòu)特征，具有其他冷調(diào)節(jié)蛋白相同的功能結(jié)構(gòu)域，為這16種蛋白屬于水稻冷調(diào)節(jié)蛋白家族