黑線倉鼠PPARβ的部分序列的克隆及SNP分析.pdf

1、黑線倉鼠(Cricetulus barabensis)繁殖力強(qiáng),分布范圍廣,破壞性大,是我國北方農(nóng)田的主要害鼠之一。通過研究影響其繁殖力的PPARβ基因( Peroxisome proliferator-activated receptorsβ),從分子水平上揭示害鼠種群數(shù)量的波動機(jī)制,可為對鼠害的綜合防控提供新的思路和方法。
　　PPARβ基因作為核受體超家族成員之一,早在胚胎發(fā)育的早期階段就已出現(xiàn),與動物胚胎著床、胎盤的形成、

2、胚胎發(fā)育、卵巢功能的維持等有著密切的關(guān)系。此外,在個體生長過程中,PPARβ分布廣,對個體正常的生長發(fā)育有著重要的調(diào)節(jié)作用。本研究首次采用基因克隆的方法分離黑線倉鼠PPARβ部分序列,同時對黑線倉鼠種群內(nèi)部分序列進(jìn)行了單核苷酸多態(tài)性(SNP)分析,為黑線倉鼠種群暴發(fā)機(jī)制的研究從分子水平上提供理論依據(jù)。
　　本研究以捕獲于山東省的黑線倉鼠為研究對象,用RT-PCR方法克隆PPARβ mRNA外顯子4-7的部分序列480bp(GenB

3、ank登錄號:JN662960),并對其核苷酸和氨基酸序列、二級結(jié)構(gòu)、空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行了生物學(xué)分析和預(yù)測。在其結(jié)構(gòu)分析過程中發(fā)現(xiàn)了特殊的結(jié)構(gòu)區(qū)域:鋅指結(jié)構(gòu)。在蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)中Alpha螺旋占很大比例,但鋅指結(jié)構(gòu)則位于較小的疏水性區(qū)域中。將得到的黑線倉鼠PPARβ mRNA序列與其他物種PPARβ中相對應(yīng)的mRNA序列進(jìn)行同源性比對,并利用不同的方法構(gòu)建了系統(tǒng)進(jìn)化樹,結(jié)果顯示黑線倉鼠與嚙齒目的金倉鼠(Mesocricetus auratus)

4、、大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)親緣關(guān)系最近,與野豬(Sus scrof)、牛(Bos Taurus)、兔(Oryctolagus cuniculus)等哺乳動物親緣關(guān)系較遠(yuǎn),與人親緣關(guān)系最遠(yuǎn),這一結(jié)果與以上物種之間的傳統(tǒng)分類進(jìn)化關(guān)系相一致,說明 PPARβ在進(jìn)化上相對比較保守。
　　本研究還首次用PCR法克隆并檢測了山東地區(qū)30個黑線倉鼠的PPARβ基因部分序列(297bp)的多態(tài)性

5、,該序列包括外顯子6(175bp),內(nèi)含子6(104bp)和外顯子7(18bp)。利用DnaSPv5.0軟件分析發(fā)現(xiàn),該區(qū)段共有11種單倍型,10個多態(tài)位點(diǎn),其中外顯子6中有6個,內(nèi)含子中有4個。分析該區(qū)段發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)換有9個,顛換1個。PPARβ基因外顯子區(qū)域堿基發(fā)生突變的概率較大,引起編碼的相應(yīng)的氨基酸發(fā)生改變。這與從人上研究該區(qū)域的結(jié)果相一致,也許與其功能有著密切的關(guān)系。豐富的單核苷酸多態(tài)性為種群遺傳多樣性提供了可能性,進(jìn)而使物種能夠