天然產(chǎn)物全基因測序生物信息學分析borrelidin萜類化合物碩士論文

1、<p>　　鏈霉菌源次級代謝物的產(chǎn)生、分離和結(jié)構鑒定</p><p>　　有機化學， 2011， 碩士</p><p>　　【摘要】 鏈霉菌源的次級代謝物是天然產(chǎn)物藥物的重要組成部分,所謂次級代謝是微生物在一定的生長時期(一般是穩(wěn)定生長期),以初級代謝產(chǎn)物為前體,合成一些對微生物的生命活動沒有明確功能的物質(zhì)的過程。以初級代謝小分子產(chǎn)物為反應底物,通過一系列特定的酶蛋白催化反應,即

2、多個不同功能的酶依次作用,最終得到微生物次級代謝產(chǎn)物。通過微生物全基因測序和生物信息學分析發(fā)現(xiàn),微生物染色體中有許多小分子化合物的生物合成基因簇,而這些小分子化合物在微生物發(fā)酵過程中產(chǎn)量很低或者不產(chǎn)生,通過異源表達的方法可以發(fā)酵得到一些結(jié)構新奇的小分子化合物或者使化合物產(chǎn)量得到提高,這有利于我們發(fā)現(xiàn)更多的新化合物。本課題共分為三個部分：1)鏈霉菌Streptomyces rochei ATCC10739發(fā)酵、次級代謝產(chǎn)物Borrelid

3、in分離純化和結(jié)構確證；2)鏈霉菌Streptomyces TP-A2060菌株中幾個小分子次級代謝產(chǎn)物基因簇的異源表達；3)鏈霉菌Streptomyces 371菌株中幾個小分子次級代謝產(chǎn)物基因簇的異源表達。Borrelidin是從鏈霉菌(Streptomyces rochei ATCC 10739</p><p>　　【Abstract】 Secondary metabolites producing by

4、Streptomyces play important role in natural product drugs. Secondary metabolism is the process that microorganisms in certain period of growth (usually in stationary phase) synthesize a number of products with some uncer

5、tain functions from primary metabolic precursor. These process are carried out by a serial of enzymatic reactions in microorganisms using primary metabolites. Based on the genome sequencing of microbe and bioinformatics

6、analysis, some</p><p>　　【關鍵詞】 天然產(chǎn)物； 全基因測序； 生物信息學分析； Borrelidin； 萜類化合物； 【Key words】 Natural products； Genome sequencing； Bioinformatics analysis； Borrelidin； Terpenoids； </p><p><b>　　摘要 5-

7、7 </b></p><p>　　Abstract 7-8 </p><p>　　縮寫和符號 11-12 </p><p>　　第一章 緒論 12-20 </p><p>　　1.1 通過基因篩庫發(fā)現(xiàn)新的天然產(chǎn)物 13-15 </p><p>　　1.2 鏈霉菌的異源表達 15-17 </p>

8、<p>　　1.3 本課題的研究背景和研究意義 17-18 </p><p>　　1.4 主要研究內(nèi)容及所需解決的難點 18-19 </p><p>　　1.5 本課題主要的研究方法和技術路線 19-20 </p><p>　　第二章 鏈霉菌Streptomyces rochei ATTC10739發(fā)酵、次級代謝產(chǎn)物Borrelidin分離純化和結(jié)構確證

9、 20-30 </p><p>　　2.1 材料與方法 21-23 </p><p>　　2.1.1 菌株 21 </p><p>　　2.1.2 培養(yǎng)基及用途 21-22 </p><p>　　2.1.3 試驗儀器 22 </p><p>　　2.1.4 實驗方法 22-23 </p><p>

10、;　　2.2 婁徹式鏈霉菌ATTC10739固體發(fā)酵條件的優(yōu)化 23-26 </p><p>　　2.2.1 不同培養(yǎng)基對Borrelidin產(chǎn)量的影響 23-24 </p><p>　　2.2.2 培養(yǎng)時間對Borrelidin產(chǎn)量的影響 24 </p><p>　　2.2.3 起始pH值對Borrelidin產(chǎn)量的影響 24-25 </p><

11、;p>　　2.2.4 附加碳源對Borrelidin產(chǎn)量的影響 25 </p><p>　　2.2.5 附加氮源對Borrelidin產(chǎn)量的影響 25-26 </p><p>　　2.3 Borrelidin的分離純化和結(jié)構確證 26-29 </p><p>　　2.3.1 硅膠柱層析純化 26-27 </p><p>　　2.3.2

12、半制備HPLC純化 27-28 </p><p>　　2.3.3 化合物~1HNMR結(jié)構確證 28-29 </p><p>　　本章小結(jié) 29-30 </p><p>　　第三章 鏈霉菌Streptomyces TP-A2060菌株中幾個小分子次級代謝產(chǎn)物基因簇的異源表達 30-50 </p><p>　　3.1 材料與方法 32-38 &l

13、t;/p><p>　　3.1.1 菌株 33 </p><p>　　3.1.2 質(zhì)粒 33 </p><p>　　3.1.3 引物 33-34 </p><p>　　3.1.4 儀器 34 </p><p>　　3.1.5 培養(yǎng)基、溶液及試劑 34-35 </p><p>　　3.1.6 實驗方法

14、35-38 </p><p>　　3.2 基因簇的克隆 38-44 </p><p>　　3.3 基因簇表達質(zhì)粒和突變株的構建 44-46 </p><p>　　3.4 突變株的小量發(fā)酵 46-49 </p><p>　　本章小結(jié) 49-50 </p><p>　　第四章 鏈霉菌Streptomyces 371菌株中幾

15、個小分子次級代謝產(chǎn)物基因簇的異源表達 50-68 </p><p>　　4.1 材料與方法 51-54 </p><p>　　4.1.1 菌株 51 </p><p>　　4.1.2 引物 51-52 </p><p>　　4.1.3 培養(yǎng)基、溶液及試劑 52-53 </p><p>　　4.1.4 實驗方法 53-5

16、4 </p><p>　　4.2 Tep-6基因簇的異源表達 54-56 </p><p>　　4.3 Tep-7基因簇的篩庫和異源表達 56-63 </p><p>　　4.4 Tep-8基因簇的異源表達 63 </p><p>　　4.5 Pkz基因簇的異源表達及突變株發(fā)酵 63-67 </p><p>　　本章小