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1、西南大學(xué)碩士學(xué)位論文甘藍(lán)型油菜及其親本物種MYB4基因家族的克隆與比較基因組學(xué)研究姓名:尹銳申請學(xué)位級別:碩士專業(yè):遺傳學(xué)指導(dǎo)教師:柴友榮20080601兩南人學(xué)6 F ! f 。學(xué)化論文部分成員全長c D N A 和對應(yīng)的基因組序列。B n M Y B 4 - 1 、B n M Y B 4 - 2 和B n M Y B 4 —3 基因分別為1 3 9 3 、1 3 6 4 和1 4 0 5b p ,它們的m R N A 分別為1 2
2、7 1 、1 2 1 9 和1 2 5 3 b p ( 不計p o l y ( A ) 尾巴,下同) ;B r M Y B 4 一J和B r M Y B 4 - 2 的m R N A 分別為1 2 8 0 和1 2 2 3 b p 。B r M Y B 4 .3 和B r M Y B 4 - 4 基岡分別為1 4 0 7 和1 3 7 0 b p ,它們的m R N A 分別為1 2 7 8 和1 2 2 4b p 。B o M Y B
3、 4 - 1 m R N A 序列為1 0 0 5 b p 。B o M Y B 4 .2 基因為1 4 2 1b p ,其m R N A 為1 2 7 5 b p 。為深入研究蕓薹屬植物M Y B 4 基因的功能、進化、調(diào)控模式奠定了基礎(chǔ)。2 ) 蕓薹屬M Y B 4 基因成員具有與A t M Y B 4 相似的基因和蛋白特征蕓薹屬9 個M Y B 4 基因都有1 個內(nèi)含子和2 個外顯子,符合G T .?”A G 的內(nèi)含子邊霧序列特征
4、,并且和A t M Y B 4 的位置相符。在B n M Y B 4 .J 、B n M Y B 4 - 2 、勵刪明”.3 、B r M Y B 4 .J 『、B r M Y B 4 - 2 、8 r ^ 彳陽4 3 、8 r I l 徹彳.4 、及琥Ⅸ靜.J 和反刪啊射.2m R N A 的2 5 0 ~1 1 3 3 、1 6 5 ~1 0 7 6 、2 3 l ~1 0 7 9 、2 4 9 ~1 1 3 6 、2 3 2 “
5、“1 0 8 3 、2 4 9 “ d 1 3 3 、2 3 2 ~1 0 8 3 、4 7 ~9 3 8 、2 7 9 “ “ 1 1 9 0 b p 區(qū)段有分別為一個8 8 5 、9 1 5 、8 5 2 、8 8 8 、8 5 2 、8 8 5 、8 5 2 、8 8 5 、9 1 2 b p 的升放閱讀框( O R F ,包括終止衢碼子) ,它們的5 ’U T R 分別為2 4 8 、1 6 4 、2 3 0 、2 4 8 、2
6、 3 1 、2 4 8 、2 3 1 、4 6 、2 7 8 b p ,3 ’U T R 分別為1 3 8 、1 4 0 、1 7 1 、1 4 4 、1 4 0 、1 3 9 、1 4 1 、6 8 、8 5 b p 。推導(dǎo)的B n M Y I M .1 、B n M Y B 4 - 2 、B n M Y B 4 .3 、B r M Y B 4 - 1 、B r M Y B 4 .2 、B r M Y l M .3 、B r ~ l
7、Y B 4 _ 4 、B o M Y B 4 1 和B o M Y B 4 - 2 蛋白分別為2 9 4 、3 0 4 、2 8 3 、2 9 4 、2 8 3 、2 9 4 、2 8 3 、2 9 4 和3 0 3 個氨基酸殘基,理論分子量( M w ) 分別為3 3 .1 0 、3 4 .3 7 、3 1 .6 5 、3 3 .1 0 、3 1 .6 5 、3 3 .0 7 、3 1 .6 6 、3 3 .1 2 和3 4 .2 7
8、 ,等電點( p 1 ) 分別為8 .7 8 、9 .1 3 、8 .6 1 、8 .7 8 、8 .6 1 、8 .7 9 、8 .7 3 、8 .8 8 和9 .1 3 ,都為堿性蛋白。它們都有較多的潛在的磷酸化位點,B n M Y B 4 - 1 和B r M Y B 4 .1 有1 9 個,B n M Y I M - 2 和B o M Y B 4 - 2 有2 3個,B n M Y B 4 - 3 、B r M Y B 4 -
9、2 和B r M Y B 4 - 3 有1 8 個,B r M Y B 4 - 4 有2 1 個,B o M Y B 4 .1 有1 7 個。預(yù)測它們均沒有信號肽和跨膜域,它們可能定位于細(xì)胞核。蕓薹屬3 個物種的9 個M Y B 4 蛋白與A t M Y B 4 一樣,在它們的C .端域有2 段保守的序列:C I保守域具有保守性基序L s r G I D P x T /S H P I /L ,C 2 保守域具有保守性基序p d L N
10、L D /E L X I G /S 。因此蕓薹屬3 個物種的9 個M Y B 4 蛋白按同源性應(yīng)屬于擬南芥M Y B 超家家族的第四弧類,并且應(yīng)該與A t M Y B 4 有類似功能,即以負(fù)調(diào)控因子的形式參與苯丙烷途徑相關(guān)基因的調(diào)控。它們的二級結(jié)構(gòu)非常相似,以隨機卷曲所占比例最高,占氨基酸總數(shù)的4 7 .8 5 “ 5 6 .8 0 %;其次是儀.螺旋,分別占氨基酸總數(shù)占2 5 .1 7 ~3 2 .6 7 %,有少量的延伸鏈和p 轉(zhuǎn)角
11、。它們蛋白的每個M Y B結(jié)構(gòu)域中都有5 ~7 個大的1 7 1 一螺旋,C 末端也有1 個。它們的三級結(jié)構(gòu)也很相似,都只預(yù)測出了N .端的R 2 R 3 一M Y B 結(jié)構(gòu)域的蛋白模型,而C .端尚沒有匹配的模型。從基因結(jié)構(gòu)、蛋白結(jié)構(gòu)、序列同源性三大方面分析,均顯示蕓薹屬3 個物種的9 個M Y B 4 基因是A t M Y B 4 的垂直同源基因。3 ) 白菜型油菜坩藍(lán)與甘藍(lán)型油菜間在基因水平的授受關(guān)系B n M Y B 4 一J
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