內(nèi)蒙古絨山羊皮膚毛囊周期生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)miRNA鑒定.pdf

1、micmRNA(miRNA)是一類20～24nt長(zhǎng)度的非蛋白質(zhì)編碼的內(nèi)源小分子。近年來(lái)的研究發(fā)現(xiàn)，miRNA作為轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)調(diào)控的一個(gè)重要因子，參與表皮和毛囊的發(fā)生及周期性發(fā)育。本研究采集山羊皮膚毛囊生長(zhǎng)期、退行期和休止期的皮膚樣本，利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度測(cè)序技術(shù)，結(jié)合生物信息學(xué)的方法，對(duì)miRNA的類型、豐度、家族及靶基因進(jìn)行了分析。研究結(jié)果豐富了山羊miRNA的數(shù)量和種類，更加深刻的了解了mi

2、RNA在毛囊周期發(fā)育的表達(dá)變化。主要研究結(jié)果如下:
　　(1)通過(guò)Solexa高通量測(cè)序技術(shù)，分別得到干凈數(shù)據(jù)10644467、11951819和11032157個(gè)。對(duì)生長(zhǎng)期小RNA分類注釋獲得了3381條保守的miRNA，通過(guò)歸類統(tǒng)計(jì)后，得到miRNA316個(gè)。其中68個(gè)miRNA在山羊上保守已經(jīng)在NCBI上報(bào)道;余下的248個(gè)miRNA在其他物種上保守但在山羊上未見(jiàn)報(bào)道。
　　(3)通過(guò)家族分析，發(fā)現(xiàn)在山羊和綿羊上共表達(dá)

3、的miRNA都被定位在了牛21號(hào)染色體的同一區(qū)段。
　　(4)在絨周期的三個(gè)發(fā)育時(shí)期內(nèi)共計(jì)得到334個(gè)保守的miRNA，其中有279個(gè)miRNA在三個(gè)時(shí)期都有表達(dá)，并找到生長(zhǎng)期特異的miRNA15個(gè)、休止期特異的miRNA7個(gè)和退行期特異的miRNA8個(gè)。
　　(5)此外，還鑒定得到22個(gè)新的miRNA。對(duì)新miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)，得到預(yù)測(cè)的靶基因86519個(gè)，對(duì)靶基因進(jìn)行KEGG分析發(fā)現(xiàn)MAPK通路對(duì)于皮膚發(fā)育有重要作用