30007.蛋白質(zhì)跨膜結(jié)構(gòu)與二硫鍵連接模式研究

1、上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文蛋白質(zhì)跨膜結(jié)構(gòu)與二硫鍵連接模式研究姓名：裔東亮申請學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：模式識(shí)別與智能系統(tǒng)指導(dǎo)教師：楊杰20090201上海交通大學(xué)碩士論文第II頁中的重要步驟，其形成動(dòng)力學(xué)影響蛋白質(zhì)折疊的速率和途徑，它的錯(cuò)誤配對是影響蛋白質(zhì)多肽鏈正確折疊的重要原因。二硫鍵的存在對于維持蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性，保持其生理活性具有至關(guān)重要的意義。利用模式識(shí)別技術(shù)的生物信息學(xué)中，要解決蛋白質(zhì)二硫鍵結(jié)構(gòu)連接模式的預(yù)測，需要解決如下幾個(gè)問題

2、：一是如何在海量的數(shù)據(jù)集中提取用來作為輸入的特征向量；二是如何采用有效的降維方法降低輸入特征向量的維數(shù)和冗余；三是使用怎樣的預(yù)測工具進(jìn)行預(yù)測。第一個(gè)問題關(guān)于提取特征。這項(xiàng)研究從很早以前就已經(jīng)開始。從早期蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測使用到的疏水性特征、氨基酸組成成份，到后來使用到的PSSM矩陣向量等等。在本文中，作者結(jié)合了7組不同的特征向量用于預(yù)測蛋白質(zhì)二硫鍵連接模式，它們包括：半胱氨酸偶聯(lián)、20種氨基酸組成成份、半胱氨酸分離距離、半胱氨酸排序、蛋

3、白質(zhì)分子量、蛋白質(zhì)序列長度和蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)信息。這些向量的總維數(shù)623，經(jīng)過PCA的降維，維數(shù)降低到300和500維。第二個(gè)問題關(guān)于特征降維。經(jīng)過多年的發(fā)展，降維技術(shù)已經(jīng)非常成熟?，F(xiàn)在比較常見的降維方法包括：(1)以主成分分析(PrincipleComponentAnalysis:PCA)為代表的基于重構(gòu)誤差分析的降維方法；(2)以線性判別分析(LinearDiscriminantAnalysis:LDA)為代表的基于類別信息獲取最優(yōu)