江豚neophocaenaphocaenoides單核苷酸多態(tài)性位點snps篩選的方法學研究

1、南京師范大學碩士學位論文江豚Neophocaenaphocaenoides單核苷酸多態(tài)性位點SNPs篩選的方法學研究姓名：萬慧榮申請學位級別：碩士專業(yè)：遺傳學指導教師：楊光20080401南京師范大學2008腐碩士學位論文中文摘要江豚Neophocaenaphocaenoides單核苷酸多態(tài)性位點SNPs篩選的方法學研究萬慧榮南京師范大學生命科學學院，南京210046摘要本論文共包括四個都分：1)綜述了單核背酸多態(tài)性(singlenuc

2、leotidepolymorphisms，tSNPs)標記及其在生態(tài)、進化和種群生物學中的應用。2)構建江豚(Neophocaenaphocaenoides)的基因組霰彈槍法文庫(wholegenomeshotgunlibrary)，通過克隧測序獲得了83個序列。根據(jù)這些序列設詩了68黠零|物，其中63對能進行成功的PCR擴增。逶過63對琴|物在24個江豚個體巾擴增產(chǎn)物的變性高效液相色譜(denaturinghighperformanc

3、eliquidchromatography，DHPLC)分析，發(fā)現(xiàn)其中20對引物的擴增產(chǎn)物呈現(xiàn)多態(tài)，并通過測序驗證確定其中18個擴增產(chǎn)物中含有SNPs。通過進一步的篩選，共確定29個ShiPs，其中顛換7個，轉換21個，插入／缺失1個。盡管DHPLC分析時的假陽性率力10％左右，餐構建基因綴文本結合DHPLC盼方法仍可以用于非模式生物SNPs的大規(guī)摸篩選。3)選擇2個已知的江豚SNPs，將擴增產(chǎn)物按基因頻率制備成050％的11個DNA池

4、(DNApooling)，分別用于直接測序和DHPLC分析，以探討兩種方法檢測SNPs時的效率及制備DNA池時對基因頻率的要求。結果發(fā)現(xiàn)，當?shù)任换虻念l率不少于125％時可在DHPLC分析時能予以明確螽鎏分辨，但當用DNA池進行直接測序對則頻率翥要達捌20％。這提示，為保證DHPLC分析的準確性，制備DNA池時等摩爾DNA混合的樣品數(shù)應盡量不超過4個。DNA池結合DHPLC技術的高效性與準確性可在大規(guī)模的SNPs位點篩選中發(fā)揮作用。霹)