apiv3c蛋白酶抑制劑的虛擬篩選及活性驗(yàn)證

1、專業(yè)學(xué)位碩士學(xué)位論文ApIV3CApIV3C蛋白酶抑制劑的虛擬篩選及活性驗(yàn)證蛋白酶抑制劑的虛擬篩選及活性驗(yàn)證TheVirtualScreeningActivityvertificationofNovelInhibitsTargetingApIV3CProtease作者姓名：史艷麗工程領(lǐng)域：化學(xué)工程學(xué)號(hào)：31427042指導(dǎo)教師：李文利完成日期：2017年4月18日大連理工大學(xué)DalianUniversityofTechnology萬(wàn)方數(shù)

2、據(jù)大連理工大學(xué)專業(yè)學(xué)位碩士學(xué)位論文I摘要吐白水軟化病是柞蠶一種重要的病害，通常發(fā)病于遼寧，吉林，黑龍江等天氣寒冷的地區(qū)。柞蠶患病的機(jī)率約為30%，在嚴(yán)重的地域甚至可以超過(guò)70%。研究發(fā)現(xiàn)，柞蠶Iflavirus病毒（ApIV）是柞蠶吐白水軟化病的病原之一，是小RNA病毒科一株單正鏈RNA病毒。小RNA病毒科病毒的3C蛋白酶具有高度保守的活性位點(diǎn)。3C蛋白酶在病毒復(fù)制中有前體蛋白切割的功能，且在宿主細(xì)胞內(nèi)沒(méi)有同源位點(diǎn)，常被選為研制抗小RN

3、A病毒抑制劑的靶標(biāo)。對(duì)3C蛋白酶已經(jīng)進(jìn)行了長(zhǎng)期的大量的研究，但是還沒(méi)有針對(duì)ApIV3C蛋白酶抑制劑的研究。在本論文中，通過(guò)同源建模以及分子動(dòng)力學(xué)的方法構(gòu)建了ApIV3C蛋白酶的三維結(jié)構(gòu)，通過(guò)基于分子對(duì)接的虛擬篩選，從含3500多個(gè)分子的天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出15個(gè)候選化合物，通過(guò)體內(nèi)外的病毒抑制實(shí)驗(yàn)，獲得異黃酮類化合物obol，發(fā)現(xiàn)其具有良好的抗ApIV病毒活性。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，隨著obol濃度的升高，其抑制病毒復(fù)制率越高，當(dāng)obol

4、的濃度達(dá)到10μgml時(shí)，抑制病毒復(fù)制率達(dá)到80.5%，并且在此濃度下，細(xì)胞毒性造成的細(xì)胞活性的降低僅為3.42%，細(xì)胞毒性低。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)通過(guò)觀察蠶蛹的顱頂板顏色的變化觀察蠶蛹感染ApIV的情況，結(jié)果表明，陰性對(duì)照組蠶蛹的顱頂板呈白色，陽(yáng)性對(duì)照組蠶蛹的顱頂板呈黑色，不同劑量obol處理注射ApIV病毒的蠶蛹，隨著注射的obol的劑量的升高，顱頂板的顏色逐漸變淺，體內(nèi)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了obol有抗ApIV病毒活性。從而發(fā)現(xiàn)了一個(gè)ApIV3C蛋白酶的

5、先導(dǎo)化合物。研究了阿維鏈霉菌NRRL8165的搖瓶發(fā)酵條件后，利用該菌株通過(guò)生物轉(zhuǎn)化獲得了obol。在動(dòng)力學(xué)模擬與分子對(duì)接水平上研究了obol與ApIV3C蛋白酶的相互作用模式，結(jié)果表明obol穩(wěn)定地結(jié)合于ApIV3C蛋白酶的結(jié)合口袋處。從而發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的ApIV3C蛋白酶的抑制劑。對(duì)obol運(yùn)用DiscoveryStudio(DS)中的基于反應(yīng)的原位生長(zhǎng)進(jìn)行修飾，共得到6個(gè)化合物，使用分子動(dòng)力學(xué)模擬（Moleculardynamics