基于Cox模型的遺傳方差分量模型研究及應(yīng)用.pdf

1、復(fù)雜疾病是環(huán)境因素和遺傳因素共同作用的結(jié)果。為研究復(fù)雜疾病病因，遺傳流行病學(xué)首先需對(duì)疾病性狀進(jìn)行家庭聚集性評(píng)價(jià)。家庭成員間性狀不獨(dú)立是家系資料的特點(diǎn)。對(duì)常見數(shù)量性狀和質(zhì)量性狀，可采用邊際模型或廣義線性混合效應(yīng)模型解決家系內(nèi)相關(guān)的問題。但如發(fā)病年齡、月經(jīng)初潮等刪失性狀，則需要在生存分析的框架下研究，Cox 模型是生存分析中應(yīng)用最廣泛的模型之一。經(jīng)典的遺傳方差分量模型將家系中各成員間復(fù)雜性狀的家庭相關(guān)來源分為加性遺傳隨機(jī)效應(yīng)、顯性遺傳隨機(jī)效

2、應(yīng)和家庭共享環(huán)境隨機(jī)效應(yīng)，且通常假設(shè)隨機(jī)效應(yīng)服從多元正態(tài)分布。本文在Cox 模型的基礎(chǔ)上引入遺傳和環(huán)境隨機(jī)效應(yīng)，構(gòu)造包含多個(gè)隨機(jī)效應(yīng)的Cox 遺傳方差分量模型。由于隨機(jī)效應(yīng)服從多元正態(tài)分布，給模型參數(shù)估計(jì)時(shí)求解高維積分帶來極大困難，本課題探討了應(yīng)用Laplace 近似法和懲罰性似然理論來解決高維積分的困難；在R和S-Plus軟件中編制程序?qū)崿F(xiàn)了核心家系和擴(kuò)展家系資料的隨機(jī)效應(yīng)方差協(xié)方差矩陣的設(shè)計(jì)矩陣，并利用coxme 函數(shù)實(shí)現(xiàn)了Lapl