基于甘薯徐781和徐薯18轉(zhuǎn)錄組測序的SNP標(biāo)記開發(fā).pdf

1、單核苷酸多態(tài)性(SNP)是近年來被認為最有發(fā)展?jié)摿Φ牡谌肿訕?biāo)記。本實驗室利用Illumina RNA-seq技術(shù)，從淀粉含量、薯干產(chǎn)量和莖線蟲病抗性差異明顯的徐781和徐薯18測序結(jié)果中已獲得1，386個SNP候選位點。為開發(fā)實用的SNP標(biāo)記，本研究采用等位基因特異性PCR(AS-PCR)和四引物擴增受阻突變體系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)兩種特異性擴增的方法以及酶切擴增多態(tài)性序列(CAPS)酶切的方法，檢測

2、候選SNP位點，確定合適的甘薯SNP分子標(biāo)記檢測方法，對其反應(yīng)條件進行優(yōu)化，包括反應(yīng)退火溫度、內(nèi)外引物濃度之比和Taq DNA聚合酶用量，并根據(jù)候選SNP位點，設(shè)計引物，檢測SNP位點和開發(fā)SNP分子標(biāo)記。主要研究結(jié)果如下:
　　1.通過AS-PCR、Tetra-primer ARMS-PCR和CAPS三種常用的SNP檢測方法，對甘薯SNP位點進行檢測，比較其檢測可行性和有效性，并對適宜檢測方法的反應(yīng)體系進行優(yōu)化。結(jié)果表明，Tet

3、ra-primer ARMS-PCR方法能準(zhǔn)確、快速檢測甘薯SNP位點并進行分型，操作步驟簡單，費用低廉，使用25μL的反應(yīng)體系，在每一組引物的最適退火溫度下，內(nèi)外引物濃度之比為0.4μmol/L∶0.2μmol/L，Taq DNA聚合酶用量為1.25 U時，可以達到良好的檢測效果。
　　2.利用徐781和徐薯18轉(zhuǎn)錄組測序獲得的候選SNP位點共設(shè)計了153組Tetra-primerARMS-PCR引物，對徐781和徐薯18候選S