基于GCG的生物信息學(xué)WEB系統(tǒng)的構(gòu)建.pdf

1、GCG是運(yùn)行在Linux或Unix操作系統(tǒng)上的世界上最有名的序列分析系統(tǒng)之一，具有強(qiáng)大的序列分析、比較、預(yù)測(cè)等功能。其包含的140多個(gè)互相關(guān)聯(lián)的具有專業(yè)水準(zhǔn)的程序被全球650多個(gè)科研機(jī)構(gòu)用來進(jìn)行序列分析，被公認(rèn)為序列分析的業(yè)界標(biāo)準(zhǔn)。隨著網(wǎng)絡(luò)及web技術(shù)的飛速發(fā)展，構(gòu)建生物信息學(xué)WEB服務(wù)器并提供在線分析服務(wù)是目前生物信息學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展趨勢(shì)。目前許多國(guó)家科研機(jī)構(gòu)和各大高校學(xué)校等都紛紛建立了自己的生物信息學(xué)WEB平臺(tái)，如美國(guó)的國(guó)立衛(wèi)生院建立的

2、NCBI，歐洲生物信息學(xué)組織建立的EBI等。我國(guó)在這一方面仍然處于落后地位。 目的：鑒于GCG的命令行使用界面非常不友好、其X-windows使用界面又需要客戶端安裝X-server，且要求用戶對(duì)Linux或Unix操作系統(tǒng)有一定的了解，因而一般的用戶使用起來極為困難。為了降低用戶的使用復(fù)雜度，同時(shí)為了滿足研究人員使用GCG的需求，本文作者開發(fā)了一套通過web頁面來使用GCG軟件包的系統(tǒng)。該系統(tǒng)的成功開發(fā)，提供給局域網(wǎng)內(nèi)用戶方便

3、、安全、穩(wěn)定的GCG的在線分析服務(wù)。 方法：本課題以RedhatLinux7.2操作系統(tǒng)和GCG生物信息學(xué)序列分析系統(tǒng)為平臺(tái)，以APACHE作為WEB服務(wù)器，以MYSQL為底層數(shù)據(jù)庫(kù)，利用PHP語言和SHELL腳本成功實(shí)現(xiàn)了B/S模式的WEB生物信息學(xué)序列分析系統(tǒng)。 結(jié)構(gòu)：本文首先介紹了生物信息學(xué)和GCG的背景及發(fā)展現(xiàn)狀；其次闡述了本課題所采用的模式架構(gòu)及實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)采用的核心技術(shù)；然后著重介紹了本系統(tǒng)的具體分析、設(shè)計(jì)與測(cè)試

4、過程；最后介紹本課題的研究結(jié)果以及對(duì)本項(xiàng)研究的總結(jié)和展望。 結(jié)果：本課題完成了對(duì)GCGWEB序列分析系統(tǒng)的總體搭建，完成工具選擇模塊、參數(shù)設(shè)置模塊、序列格式轉(zhuǎn)換模塊、程序運(yùn)行模塊和用戶管理模塊的編寫。共完成285個(gè)靜態(tài)頁面的設(shè)計(jì)和140個(gè)腳本文件的編寫，并建立mysql數(shù)據(jù)庫(kù)1個(gè)。結(jié)論：系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)了局域網(wǎng)內(nèi)用戶通過WEB瀏覽器對(duì)Linux服務(wù)器上GCG系統(tǒng)的方便使用。從方便用戶的角度出發(fā)，本系統(tǒng)提供了三種選擇工具的方式，提供良好的