基于生物信息學應用的混合架構(gòu)集群系統(tǒng)研究.pdf

1、自從全基因組測序成為可能以來，基因組結(jié)構(gòu)注釋（包括了解基因組DNA中的基因組成、結(jié)構(gòu)及其調(diào)控元件）成為生物信息學研究的重要問題，由于基因組結(jié)構(gòu)注釋系統(tǒng)的計算量龐大，需要基于高性能計算資源進行基因組結(jié)構(gòu)注釋計算。
　　 目前生物信息學研究機構(gòu)普遍采用的高性能計算系統(tǒng)主要存在以下兩方面問題：搭建成本高昂，性價比差，對預算有限的實驗室是沉重負擔；技術(shù)標準不開放，導致軟件管理困難，硬件擴展性不佳，后期維護成本高昂。
　　 針對以

2、上問題做了如下工作：
　　 搭建了一個適合生物信息學應用的基于開源集群資源管理中間件OSCAR的集群系統(tǒng)。
　　 對目前的硬件技術(shù)進行分析，在此基礎上根據(jù)需求對硬件選型，特別針對目前統(tǒng)一架構(gòu)集群的不足提出PC/SMP服務器混合架構(gòu)的方案。
　　 對集群相關的軟件進行了實驗和選型，重點是集群資源管理中間件，選型過程中做了大量實驗來測試系統(tǒng)的兼容性。
　　 對選型后的硬件和軟件進行了系統(tǒng)集成，并對系統(tǒng)并行計算