基于生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)篩選Blag2的B細(xì)胞和T細(xì)胞表位及突變體.pdf

1、目的：通過(guò)生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)德國(guó)小蠊過(guò)敏原Bla g2的B細(xì)胞和T細(xì)胞表位；采用定點(diǎn)突變計(jì)算結(jié)合能獲得關(guān)鍵氨基酸，并通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬對(duì)其進(jìn)行評(píng)價(jià)，以驗(yàn)證篩選得到關(guān)鍵氨基酸，為制備低致敏原衍生物及過(guò)敏原疫苗提供理論依據(jù)。
　　方法:①運(yùn)用DNAStar Protean、BPAP和BepiPred1.0三種方法預(yù)測(cè) Bla g2的B細(xì)胞抗原表位；聯(lián)合 Net-MHCIIpan-3.0和Net-MHCII-2.2方法預(yù)測(cè)Bla g2的

2、T細(xì)胞表位。②使用FoldX軟件對(duì)所獲得的B細(xì)胞抗原表位進(jìn)行氨基酸位點(diǎn)突變和評(píng)分，以獲取關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)。③采用Swiss-PDBviewer軟件對(duì)關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)進(jìn)行突變構(gòu)建野生型復(fù)合物 wcBla g2及4個(gè)突變型復(fù)合物（Bla g2-D201A、 Bla g2-E233A、Bla g2-E233R、Bla g2-K251A）。④應(yīng)用 GROMACS軟件對(duì)構(gòu)建的5個(gè)復(fù)合物分子進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，并計(jì)算Bla g2突變前后與單克隆抗體m4

3、c3結(jié)合自由能的變化。
　　結(jié)果：①預(yù)測(cè)得到Bla g2的8個(gè)B細(xì)胞表位肽，分別是：第1號(hào)肽55KYEKLKP61、第2號(hào)肽79SAVGRGIE86、第3號(hào)肽124AAPGCPNAL132、第4號(hào)肽157RFQDGE162、第5號(hào)肽200GDTTVAPAGTQAIID214、第6號(hào)肽223PKAYVNPINE233、第7號(hào)肽241TRRICKLDCSKIPSL255、第8號(hào)肽288PXGHSDHF295；聯(lián)合Net-MHCIIpa

4、n-3.0和Net-MHCII-2.2預(yù)測(cè)得到Bla g2有2條強(qiáng)結(jié)合的T細(xì)胞表位（IC50＜50nm）和34條弱結(jié)合的T細(xì)胞表位（50nm＜IC50＜500nm）。②通過(guò)FoldX軟件成功篩選到第5肽中的200、201、202號(hào)、第6肽中第230、233號(hào)及第7肽中第251、253號(hào)共7個(gè)關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)。③成功構(gòu)建野生型復(fù)合物wcBla g2及4個(gè)突變型（Bla g2-D201A、Bla g2-E233A、Bla g2-E233R、B