胃上皮內(nèi)瘤變患者胃黏膜微生態(tài)的研究.pdf

1、背景:胃癌是全球第三位癌癥相關(guān)死亡原因。慢性幽門(mén)螺桿菌(H.pylori)感染，是目前已知的與胃癌發(fā)生相關(guān)的最重要因素。H.pylori在胃癌發(fā)病機(jī)制中的作用已有部分研究。但是，胃內(nèi)還有大量的非H.pylori微生物，其與胃部疾病關(guān)系的研究極少。目前尚缺乏胃癌前病變，尤其是胃上皮內(nèi)瘤變(Gastricintraepithelial neoplasias，GIN)患者胃黏膜微生態(tài)的相關(guān)數(shù)據(jù)。本研究通過(guò)利用細(xì)菌16S rDNA高通量測(cè)序分析

2、技術(shù)，對(duì)胃上皮內(nèi)瘤變患者胃內(nèi)微生態(tài)進(jìn)行分析，初步構(gòu)建胃癌前病變相關(guān)胃黏膜微生態(tài)構(gòu)成情況，嘗試篩選出與疾病顯著相關(guān)的菌屬。
　　方法:胃上皮內(nèi)瘤變組（GIN組）納入胃鏡下診斷并經(jīng)病理學(xué)證實(shí)，未接受任何治療的GIN患者;健康對(duì)照組（HC組）納入同時(shí)期無(wú)消化系統(tǒng)癥狀、H.pylori常規(guī)臨床檢測(cè)陰性，且胃鏡檢查正常的健康志愿者。分別采集GIN患者病變組織、正常胃竇和胃體部位黏膜活檢樣本各1塊;健康志愿者正常胃竇和胃體黏膜各1塊。提取胃黏

3、膜細(xì)菌總DNA，擴(kuò)增16S rRNA基因V4區(qū)。利用Illumina Miseq高通量測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行雙末端測(cè)序。用QIIME等軟件進(jìn)行操作分類(lèi)單元(Operational taxonomic units，OTUs)聚類(lèi)、分析、物種注釋;通過(guò)繪制稀釋曲線、 Chaol曲線、 Shannon指數(shù)和Rank abundance曲線進(jìn)行樣品復(fù)雜度分析;通過(guò)主坐標(biāo)分析(Principal coordinate analysis，PCoA)和UPGM

4、A(Unweighted pair group method with arithmetic mean)聚類(lèi)分析進(jìn)行健康人群、 GIN患者胃內(nèi)細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)和多樣性的比較分析等生物信息學(xué)處理。同時(shí)，根據(jù)H.pylori相對(duì)豐度將兩組分別分為低、中、高三個(gè)豐度組進(jìn)行分層分析。
　　結(jié)果: GIN組(n=25)的平均OTUs數(shù)目明顯低于HC組(n=30)(P＜0.05)，而低級(jí)別上皮內(nèi)瘤變(n=10)和高級(jí)別上皮內(nèi)瘤變(n=15)亞組間

5、的平均OTUs數(shù)目無(wú)顯著差異(P＞0.05)。在門(mén)分類(lèi)水平，GIN組的厚壁菌門(mén)、擬桿菌門(mén)、放線菌門(mén)、梭桿菌門(mén)中位相對(duì)豐度明顯高于健康對(duì)照組;同時(shí)，GIN組的變形菌門(mén)、藍(lán)菌門(mén)、酸桿菌門(mén)、浮霉菌門(mén)、螺旋菌門(mén)等的中位相對(duì)豐度明顯低于健康對(duì)照組。在屬分類(lèi)水平，螺桿菌屬相對(duì)豐度在兩組間無(wú)差異(P＞0.05)。GIN組的鏈球菌屬、普雷沃氏菌屬、奈瑟氏菌屬、鹽單胞菌屬、羅氏菌屬、韋榮氏菌屬、乳桿菌屬、嗜血菌屬等的相對(duì)豐度顯著高于健康組; GIN組的不

6、動(dòng)桿菌屬、動(dòng)膠菌屬、鞘脂菌屬等的相對(duì)豐度顯著低于對(duì)照組。不同H.pylori相對(duì)豐度分層分析顯示:H.pylori相對(duì)豐度越高，HC組和GIN組的菌群物種多樣性越低。在門(mén)水平，低、中、高組GIN患者的相對(duì)豐度均較高的是厚壁菌門(mén)，較低的是浮霉菌門(mén)、螺旋菌門(mén)等。屬水平，三組GIN患者的相對(duì)豐度均較高的是乳桿菌屬等，較低的是動(dòng)膠菌屬、鞘脂菌屬、氫噬胞菌屬等。PCoA、UPGMA聚類(lèi)分析顯示:健康人群和GIN患者菌群結(jié)構(gòu)存在顯著差異，組間聚類(lèi)明