上海近郊某地區(qū)犬Torque Teno virus感染率調(diào)查及全基因組序列分析.pdf

1、2010年3月～5月從上海近郊地區(qū)采集199份不同品種的家養(yǎng)犬血清，根據(jù)GenBank上犬TTV病毒全基因組序列（Cf-TTV10，登錄號(hào)：AB076002）設(shè)計(jì)PCR嵌套引物檢測(cè)犬血清中TTV病毒，并進(jìn)行流行病學(xué)統(tǒng)計(jì)分析。結(jié)果表明犬TTV的陽(yáng)性率為14.6％(29/199),其中H地區(qū)的感染率較高(7/16),與其它地區(qū)(22/183)犬TTV的感染率存在極顯著差異（p<0.01）；不同品種之間，中型犬(牧羊犬、獵犬等）較小型犬（博美

2、、貴賓等觀賞犬）更易感犬TTV病毒（p<0.1），其中中型犬中薩摩耶(4/8)與邊境牧羊犬(2/3)的感染率較高,與平均感染率之間存在極顯著差異（p<0.01），說(shuō)明牧羊犬類(lèi)較其它品種的犬更易感TTV;雌性犬的感染率為20.1%，雄性犬感染率為11.0%，不同性別感染率間存在顯著差異（p=0.059）。
　　選取病毒載量最高的一份血清，設(shè)計(jì)兩套反式（4對(duì)）引物進(jìn)行犬TTV全基因組序列的擴(kuò)增，陽(yáng)性克隆株命名為Sh-TTV203，并進(jìn)

3、行生物信息學(xué)分析。參考已知的犬TTV全基因組，分析本研究中犬TTV基因組的ORF分布、啟動(dòng)子、CpG島、polyA等功能結(jié)構(gòu)，確定包含高變區(qū)的ORF I的具體位置，并對(duì)ORF I蛋白的理化性質(zhì)、親疏水性、跨膜區(qū)、信號(hào)肽等方面進(jìn)行分析.通過(guò)同源建模的方式預(yù)測(cè)ORF I蛋白的三維結(jié)構(gòu),進(jìn)而分析ORF I蛋白的基序（motif）、結(jié)構(gòu)域和抗原表位。研究發(fā)現(xiàn)ORF I蛋白為犬TTV的外殼蛋白，該蛋白可能與病毒毒力、病毒融合宿主細(xì)胞膜有關(guān)，該蛋白

4、歸屬于Viral_ssRNA_CP蛋白家族。其中抗原表位的預(yù)測(cè)為犬TTV免疫機(jī)制研究提供理論參考。
　　根據(jù)GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中人TTV、非人靈長(zhǎng)類(lèi)TTV、海龜Tomovirus、樹(shù)鼯TTV、豬TTV、犬TTV和貓TTV的全基因組序列，與本研究獲得的犬TTV進(jìn)行ClustalX做多序列比對(duì)，使用Phylip進(jìn)化分析軟件包，采用距離法、最大簡(jiǎn)約法（maximum parsimony，MP）和最大似然法（maximum likeli