上海近郊某地區(qū)犬Torque Teno virus感染率調(diào)查及全基因組序列分析.pdf

1、2010年3月～5月從上海近郊地區(qū)采集199份不同品種的家養(yǎng)犬血清，根據(jù)GenBank上犬TTV病毒全基因組序列（Cf-TTV10，登錄號：AB076002）設計PCR嵌套引物檢測犬血清中TTV病毒，并進行流行病學統(tǒng)計分析。結(jié)果表明犬TTV的陽性率為14.6％(29/199),其中H地區(qū)的感染率較高(7/16),與其它地區(qū)(22/183)犬TTV的感染率存在極顯著差異（p<0.01）；不同品種之間，中型犬(牧羊犬、獵犬等）較小型犬（博美

2、、貴賓等觀賞犬）更易感犬TTV病毒（p<0.1），其中中型犬中薩摩耶(4/8)與邊境牧羊犬(2/3)的感染率較高,與平均感染率之間存在極顯著差異（p<0.01），說明牧羊犬類較其它品種的犬更易感TTV;雌性犬的感染率為20.1%，雄性犬感染率為11.0%，不同性別感染率間存在顯著差異（p=0.059）。
　　選取病毒載量最高的一份血清，設計兩套反式（4對）引物進行犬TTV全基因組序列的擴增，陽性克隆株命名為Sh-TTV203，并進

3、行生物信息學分析。參考已知的犬TTV全基因組，分析本研究中犬TTV基因組的ORF分布、啟動子、CpG島、polyA等功能結(jié)構(gòu)，確定包含高變區(qū)的ORF I的具體位置，并對ORF I蛋白的理化性質(zhì)、親疏水性、跨膜區(qū)、信號肽等方面進行分析.通過同源建模的方式預測ORF I蛋白的三維結(jié)構(gòu),進而分析ORF I蛋白的基序（motif）、結(jié)構(gòu)域和抗原表位。研究發(fā)現(xiàn)ORF I蛋白為犬TTV的外殼蛋白，該蛋白可能與病毒毒力、病毒融合宿主細胞膜有關(guān)，該蛋白

4、歸屬于Viral_ssRNA_CP蛋白家族。其中抗原表位的預測為犬TTV免疫機制研究提供理論參考。
　　根據(jù)GenBank數(shù)據(jù)庫中人TTV、非人靈長類TTV、海龜Tomovirus、樹鼯TTV、豬TTV、犬TTV和貓TTV的全基因組序列，與本研究獲得的犬TTV進行ClustalX做多序列比對，使用Phylip進化分析軟件包，采用距離法、最大簡約法（maximum parsimony，MP）和最大似然法（maximum likeli