基于JAVA的林木生物信息系統(tǒng)設計與實現——以毛果楊蛋白質序列為例.pdf

1、在后基因組時代，由于生物信息學的快速發(fā)展，生物信息數據呈指數級增長，生物信息數據庫系統(tǒng)中的數據日益龐大，這為某一專業(yè)領域的研究提供了更多的研究數據，但在浩瀚如海的數據庫中查找并篩選與研究領域相關的數據會耗費研究者大量的時間與精力。因此，根據自己的研究需求與特點建立自己的生物信息系統(tǒng)成為每個研究領域的重要課題，以便實現對數據的有效管理和分析。森林資源信息化管理可以有效提高森林可持續(xù)經營與經濟生態(tài)效益，隨著現代科技的快速發(fā)展，林業(yè)資源日趨減

2、少，為了實現林業(yè)資源經營的可持續(xù)發(fā)展，需要對森林資源進行科學有效的管理。森林的生物信息資源的管理是森林資源信息化管理的重要方面，將宏觀與微觀相結合，形成一個由內到外、標本兼管的森林資源信息化管理系統(tǒng)。
　　本研究就此問題設計并建立了林木生物信息系統(tǒng)（以毛果楊蛋白質序列為例），用于系統(tǒng)地整合并存儲各數據庫（如PIR、SwissProt、TrEMBL、NCBI等）中林木蛋白質序列及序列信息以及實驗中得到的楊樹蛋白質信息以及對數據進行簡

3、單的處理。本系統(tǒng)使用的MySQL是當下最熱門的、開源的且具有較好的靈活性及可擴展性的數據庫關系型數據庫，而且其簡單易學且使用成本低。搭建平臺服務器主要使用了框架——Spring MVC、Ibatis:Spring是一個十分優(yōu)秀的輕量級的DI和AOP容器框架，可以很好的集成支持當前主流框架，如Struts2、Hibernate等，并且可以提供眾多服務，如事務管理、WS等，使用Spring的IOC容器可將對象之間的依賴關系交給Spring，

4、降低組件之間的耦合性，而DI機制則可以降低對象替換的復雜性;Ibatis是一個十分優(yōu)秀的持久層框架，是一個半自動化的ORM實現，具有很大的靈活性，易于學習使用，通過文檔和源代碼，可以較完全的掌握它的設計思路和實現?？蛻舳藙t使用了當前主流的CSS+DIV的布局方式，將表現和內容分離，提高頁面瀏覽速度，使用Jquery等前端框架，能更方便地處理HTML documents、events、實現動畫效果，并且方便地為網站提供AJAX交互。