豬脂肪沉積相關(guān)miRNA初步篩選.pdf

1、MicroRNAs(miRNAs)是在真核生物中發(fā)現(xiàn)的一類內(nèi)源性的具有調(diào)控功能的非編碼RNA，其大小長(zhǎng)約20～25個(gè)核苷酸。成熟的miRNAs是由較長(zhǎng)的初級(jí)轉(zhuǎn)錄物經(jīng)過(guò)一系列核酸酶的剪切加工而產(chǎn)生的，隨后組裝進(jìn)RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體，通過(guò)堿基互補(bǔ)配對(duì)的方式識(shí)別靶mRNA，并根據(jù)互補(bǔ)程度的不同指導(dǎo)沉默復(fù)合體降解靶mRNA或者阻遏靶mRNA的翻譯。最近的研究表明miRNA參與各種各樣的調(diào)節(jié)途徑，包括發(fā)育、病毒防御、造血過(guò)程、器官形成、細(xì)胞增殖

2、和凋亡、脂肪代謝等等。
　　為了對(duì)沂蒙黑豬肝臟中調(diào)節(jié)脂肪沉積的miRNA進(jìn)行初步篩選，本研究以四頭沂蒙黑豬（其中母豬、閹豬各兩頭）肝臟組織為研究材料，分別構(gòu)建了母豬和閹豬兩個(gè)小RNA文庫(kù)，采用Illumina/Solexa高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)構(gòu)建的兩個(gè)文庫(kù)分別進(jìn)行測(cè)序，并對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行了質(zhì)量檢測(cè)，長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)并篩選出了在兩個(gè)文庫(kù)中差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行把基因預(yù)測(cè)、基因功能注釋和KEGG通路分析。通過(guò)Solexa高通量測(cè)序取得結(jié)果如下

3、:在母豬和閹豬兩個(gè)文庫(kù)中分別獲得5894364和6435206純凈序列讀數(shù)，分別占其總讀數(shù)的54.67％和60.2％。小RNA長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)結(jié)果表明:兩個(gè)文庫(kù)中小RNA序列主要分布在21-23nt之間，22nt序列最多，在兩個(gè)文庫(kù)中分別占27.32％和28.78％。其次為21nt和23nt。不同片段長(zhǎng)度的小RNA在兩個(gè)文庫(kù)中呈現(xiàn)差異分布。通過(guò)Solexa高通量我們發(fā)現(xiàn)共167個(gè)miRNA在不同性別豬中表達(dá)豐度高且呈現(xiàn)差異表達(dá)模式，生物信息

4、學(xué)分析表明:這些差異表達(dá)的miRNA的靶基因參與了肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)節(jié)、MAPK信號(hào)通路、Notch、局部黏連、內(nèi)噬作用、白細(xì)胞跨內(nèi)皮遷移、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路等信號(hào)通路。選取ssc-mir-4332、ssc-mir-4338、ssc-miR-127、ssc-miR-424、ssc-miR-194、ssc-miR-545、ssc-miR-22采用qRT-PCR進(jìn)行表達(dá)量檢測(cè)，其結(jié)果顯示選取的miRNA皆差異顯著，其中ssc-mir

5、-4332、ssc-mir-4338、ssc-miR-127、ssc-miR-424下調(diào)，ssc-miR-194、ssc-miR-545、ssc-miR-22上調(diào)，與測(cè)序結(jié)果在兩種性別豬中表達(dá)一致。GO注釋結(jié)果表明，生物學(xué)過(guò)程中，有超過(guò)50％的基因被注釋到了信號(hào)傳導(dǎo)、蛋白質(zhì)磷酸化、轉(zhuǎn)運(yùn)、代謝過(guò)程、氧化還原過(guò)程;細(xì)胞組分中主要注釋到細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì);分子功能主要被注釋到蛋白質(zhì)結(jié)合條目。
　　本研究結(jié)果初步確定了3個(gè)與脂肪沉積相關(guān)的重要