IGF-1基因在不同豬種群體中的遺傳多態(tài)性及遺傳效應(yīng)分析.pdf

1、本實(shí)驗(yàn)以中外8個(gè)豬群共計(jì)325頭豬為研究材料，采用PCR-SSCP、基因序列測(cè)定和微衛(wèi)星檢測(cè)等方法分析了豬IGF-1基因的多態(tài)性分布，用分子生物學(xué)方法分析研究了各多態(tài)位點(diǎn)對(duì)基因所編碼蛋白的生物學(xué)影響，并對(duì)其進(jìn)行了群體遺傳學(xué)和統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，同時(shí)進(jìn)行了各基因型多態(tài)性與肌內(nèi)脂肪含量等肉質(zhì)和胴體性狀的相關(guān)性分析。結(jié)果如下： 通過(guò)SSCP檢測(cè)和測(cè)序證實(shí)IGF-1基因外顯子內(nèi)共存在3處點(diǎn)突變，分別是位于第3外顯子內(nèi)的第201位核苷酸的G→A突

2、變和第4外顯子內(nèi)的第440、455位核苷酸的A→G和T→C突變。將存在多態(tài)性的外顯子不同純合基因型個(gè)體的核苷酸序列分別翻譯成氨基酸序列，然后進(jìn)行氨基酸序列的同源性比較，結(jié)果顯示所有檢測(cè)到的外顯子序列上堿基的多態(tài)性并沒(méi)有引起氨基酸序列的變化，說(shuō)明這幾個(gè)外顯子上核苷酸序列的差異是遺傳密碼子的搖擺性所致，屬同義突變。在5’端側(cè)翼微衛(wèi)星位點(diǎn)上，通過(guò)測(cè)序共發(fā)現(xiàn)3種分別為(CA)<,17>、(CA)<,19>和(CA)<,21>的(CA)重復(fù)。

3、 外顯子3位點(diǎn)共出現(xiàn)AA、AB和BB 3種基因型，基因型分布表現(xiàn)出明顯的群體特征，基因型AA在外種豬中占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)，BB基因型僅出現(xiàn)在藏豬、雅南豬和大河烏豬中。國(guó)外豬群具有更高的A等位基因頻率。在整個(gè)檢測(cè)群體中等位基因A、B的頻率分別為0.6508、0.3492，A為優(yōu)勢(shì)等位基因。該位點(diǎn)屬于中度多態(tài)位點(diǎn)(0.25

4、的頻率高于在國(guó)內(nèi)豬群中的頻率；基因型FF僅在藏豬和大河豬中被檢測(cè)到。等位基因E在除大河豬外的其它各群體中均為優(yōu)勢(shì)等位基因。該位點(diǎn)上等位基因E、F的頻率分別為0.9000和0.1000，E為優(yōu)勢(shì)等位基因。該位點(diǎn)屬于低度多態(tài)位點(diǎn)(PIC<0.25)，多態(tài)信息含量PIC值為0.1763。5’端側(cè)翼微衛(wèi)星位點(diǎn)上，共檢測(cè)到CC、DD、GG、CD、CG、DG6種基因型，等位基因。C、D、G的頻率分別為0.4405、0.4306和0.1289。該位點(diǎn)

5、屬于高度多態(tài)位點(diǎn)(PIC>0.5)，多態(tài)信息含量PIC值為0.6028。 X<'2>適合性檢驗(yàn)顯示，供試的各群體在IGF-1基因的2個(gè)外顯子位點(diǎn)上除了長(zhǎng)雅豬偏離哈溫(Hardy-Weinberg)平衡外，其余群體均處于平衡狀態(tài)。5’端側(cè)翼微衛(wèi)星位點(diǎn)上，只有藏豬和大河烏豬達(dá)到哈溫(Hardy-Weinberg)平衡，其它群體均偏離平衡狀態(tài)。 遺傳效應(yīng)分析發(fā)現(xiàn)，IGF-1基因外顯子3位點(diǎn)上的B等位基因具有提高肌內(nèi)脂肪含量和大

6、理石紋評(píng)分、減小肌纖維面積、降低失水率和瘦肉率的遺傳效應(yīng)。表現(xiàn)為BB基因型個(gè)體的肌內(nèi)脂肪含量顯著地高于基因型AB基因型個(gè)體，大理石紋評(píng)分顯著高于AA、AB基因型個(gè)體，失水率顯著低于AA、AB基因型個(gè)體；胴體性狀中，BB基因型個(gè)體的瘦肉率顯著低于AB基因型個(gè)體。此位點(diǎn)對(duì)脂肪酸和氨基酸組成沒(méi)有顯著影響。 IGF-1基因外顯子4位點(diǎn)上的F等位基因具有提高肌內(nèi)脂肪含量、減小肌纖維面積、降低失水率的遺傳效應(yīng)。表現(xiàn)為FF基因型個(gè)體的肌內(nèi)脂肪含量極顯

7、著地高于EE、EF基因型個(gè)體；EF基因型個(gè)體的肌纖維面積顯著小于EE基因型個(gè)體；EF基因型個(gè)體的失水率極顯著的低于EE基因型個(gè)體。 在5'端側(cè)翼微衛(wèi)星位點(diǎn)上，G等位基因具有提高肌內(nèi)脂肪含量的遺傳效應(yīng)。表現(xiàn)為GG基因型個(gè)體能肌肉中不飽和脂肪酸C18:3的含量顯著增加。DD基因型個(gè)體肌肉中His、Thr、Arg、Tyr、Phe、Lys、Leu的含量顯著增加。 最小二乘分析發(fā)現(xiàn)，IGF-1基因的AA-FF基因型組合具有較好的肉