芯片元分析識別復雜疾病關鍵基因及通路研究.pdf

1、復雜性疾病是由多個基因及環(huán)境因素相互作用所致。隨著微陣列芯片技術的發(fā)展及其越來越多的應用于動物復雜性疾病分子機制的研究,尤其是以人、小鼠、大鼠等為模式動物在動物癌癥方面的研究,已經(jīng)產(chǎn)生了很多高度復雜的數(shù)據(jù)集。如何從這些海量的數(shù)據(jù)最終尋找到對我們有用的真實可靠的信息,從而發(fā)現(xiàn)復雜疾病發(fā)病與診療過程的分子遺傳學規(guī)律,則是擺在我們面前的重大問題。元分析,作為一種整合多個獨立但有關的研究結果的統(tǒng)計學方法,是一種相對廉價的選擇,并可以增加分析結果

2、的可靠性和全面性。因此,本文基于已有的針對某種復雜疾病(子宮內(nèi)膜異位癥)的基因表達譜芯片數(shù)據(jù)集,利用元分析的方法得到了比較全面可靠的與該復雜性疾病遺傳規(guī)律相關的生物學信息。論文利用在GEO數(shù)據(jù)庫中尋找到的與子宮內(nèi)膜異位癥相關的兩套芯片數(shù)據(jù),運用非參數(shù)的基于不同數(shù)據(jù)源的有序基因列表秩積算法及R程序包,對不同來源的數(shù)據(jù)進行元分析。我們將其與單個芯片t檢驗分析結果進行比較,得出結論:秩積法元分析的結果更加具有敏感性和特異性,并發(fā)現(xiàn)與子宮內(nèi)膜異

3、位癥存在顯著性相關的兩個基因THBS1和THBS2,及其參與的細胞外基質(zhì)受體互作通路。為了進一步研究THBS1和THBS2這兩個結構相似,相互作用,且在一定程度存在功能冗余的基因如何參與對卵巢癌的調(diào)控作用,我們通過網(wǎng)絡工具OncomineTM進行共表達調(diào)控因子頻率的元分析。最終篩選出一些與它們共表達的基因或蛋白,并利用DAVID等工具對這些因子進行功能注釋和通路分析,發(fā)現(xiàn)與卵巢癌顯著相關的一些通路,以及尋找到與細胞外基質(zhì)受體互作通路相關