網(wǎng)絡(luò)對(duì)稱性及其在蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用.pdf

1、后基因組時(shí)代，基因序列已經(jīng)被破譯，但生物功能的奧秘還沒(méi)有解開(kāi)。隨著生物實(shí)驗(yàn)技術(shù)的快速發(fā)展，產(chǎn)生了大量的蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，它蘊(yùn)含著蛋白質(zhì)之間相互作用的重要信息。利用蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)來(lái)預(yù)測(cè)具有顯著生物功能模塊在生物功能基因組研究中具有重要的理論和現(xiàn)實(shí)意義。
　　在傳統(tǒng)的生物功能模塊檢測(cè)中，往往把蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)當(dāng)成一個(gè)普通的網(wǎng)絡(luò)，蛋白質(zhì)對(duì)應(yīng)網(wǎng)絡(luò)中的頂點(diǎn)，交互對(duì)應(yīng)其中的邊。應(yīng)用Jaccard系數(shù)、邊的中心性等傳統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)度量來(lái)對(duì)蛋白質(zhì)交

2、互網(wǎng)絡(luò)拓?fù)涮匦赃M(jìn)行研究。而事實(shí)上蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)是一個(gè)富含生物結(jié)構(gòu)的網(wǎng)絡(luò)，不能僅僅考慮其拓?fù)涠攘?，更?yīng)該考慮其結(jié)構(gòu)度量。本文提出了一種基于結(jié)構(gòu)的對(duì)稱性度量 DS(Degree-Symmetry)。研究了對(duì)稱性度量 DS與蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)中的弱連接效應(yīng)和拓?fù)湎嗨菩灾g的關(guān)系。使用對(duì)稱性度量 DS建立了可信的虛擬網(wǎng)絡(luò)，并在此基礎(chǔ)上提出了一種“核－附件”生物功能模塊檢測(cè)方法。
　　本文使用蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)，實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明對(duì)稱性度量