中國漢族人群印記SNP甄選、驗證及法醫(yī)學應用.pdf

1、目的：
　　 本課題旨在充分利用人類基因組印記基因圖譜及國際人類基因組單倍型圖（Hapmap）、中國人遺傳背景的基因組多態(tài)性等大型基因組計劃的最新研究成果，初步篩選在中國漢族人群中具有良好頻率分布的親源特異性甲基化遺傳標記印記SNP位點；建立甲基化敏感酶切結(jié)合單堿基延伸技術(shù)，驗證印記SNP等位基因的親代來源；并用建立的方法對所驗證的親源特異性甲基化遺傳標記印記SNP進行法醫(yī)學個體識別和親緣鑒定應用學研究。
　　 方法：<

2、br>　　 從人類基因組印記基因圖譜中初步篩選出候選印記基因，在Hapmap數(shù)據(jù)庫中獲取其單核苷酸多態(tài)性( SNP)相關(guān)數(shù)據(jù)，所選印記基因的SNP經(jīng)Haploview分析軟件分析后，篩選出符合實驗要求的11個SNP位點（IGF2AS rs1003483、SNURF rs220028、rs4906939、DLGAP2 rs6558478、PKP3 rs11748、CHMP2A rs873104、COL9A3 rs760087.SIM2

3、rs737380、TP73 rs3765730、SOX8 rs9931183、APBA1 rs11139063);由于優(yōu)化擴增條件的限制，進行了8個SNP(IGF2AS rs1003483、SNURF rs220028，rs4906939 DLGAP2rs6558478、PKP3 rs11748、CHMP2A rs873104、COL9A3 rs760087、SIM2 rs737380)的復合擴增，使用復合擴增后單堿基延伸技術(shù)(Snap

4、shot)檢測10例家系（STR檢驗證實為親子關(guān)系）樣本8個印記SNP等位基因的分型；使用甲基化敏感酶切結(jié)合Snapshot技術(shù)驗證3個SNP（SNPIGF2AS rs1003483、SNURFrs220028、rs4906939）等位基因的印記親代來源；篩選出印記基因差異甲基化區(qū)親代來源特異的印記SNP進行法醫(yī)學應用學研究。
　　 結(jié)果：
　　 根據(jù)本課題選點原則篩選出11個SNP,由于擴增條件限制，進行了8個SNP的

5、復合擴增；成功建立了甲基化敏感酶切聯(lián)合復合擴增后Snapshot微測序法，這一方法為簡單、高效的DNA甲基化標記和SNP聯(lián)合檢測技術(shù)；本實驗對10組家系樣本（STR證實為親子關(guān)系）采用甲基化敏感酶切聯(lián)合復合擴增后Snapshot微測序法進行8個印記SNP的等位基因分型檢測，篩選出3個印記基因差異甲基化區(qū)的SNP即親代來源特異的印記SNP，分別為IGF2AS rs1003483、SNURF rs220028和SNURF rs4906939

6、。法醫(yī)應用學研究表明：三個印記SNP復合系統(tǒng)具有較高的種屬特異性；該體系的檢測靈敏度為(0.25ng);通過1個檢案證明：8個位點符合法醫(yī)學遺傳規(guī)律，且當孩子的等位基因為雜合時，使用甲基化敏感酶切聯(lián)合復合擴增后Snapshot微測序技術(shù)檢測三個印記SNP等位基因分型，可以直接判定等位基因的親源，從而確定親代的必需等位基因。
　　 結(jié)論：
　　 甲基化敏感的限制酶消化后PCR聯(lián)合單核苷酸引物延伸技術(shù)(Snapshot)是一