基于文獻(xiàn)和微陣列的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)重建.pdf

1、現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)研究的重點(diǎn)專(zhuān)注于分子級(jí)的調(diào)控機(jī)制，即研究組織功能的正常表型（如分化、差異等）和異常表型（如癌變），尋找有效的基因治療手段，以提高健康水平和改善疾病治療效果。然而生物學(xué)方法（比如有針對(duì)性的生物實(shí)驗(yàn)）僅可以用于識(shí)別基因之間的個(gè)體交互作用，卻很難用于識(shí)別多基因之間的交互作用。在最近的多基因研究中，計(jì)算科學(xué)已經(jīng)應(yīng)用于處理大規(guī)模的微陣列數(shù)據(jù)之中。由于基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)通常容量很大，層次繁多，關(guān)系復(fù)雜，難以篩選出獨(dú)立的部分，供人們直觀地理解，

2、所以提出了建立數(shù)學(xué)模型來(lái)模擬細(xì)胞基因活動(dòng)。
　　前人研究工作中暴露出兩個(gè)不足的方面:一是缺乏對(duì)于多對(duì)功能相關(guān)基因交互表達(dá)的研究，更無(wú)法探測(cè)發(fā)現(xiàn)與特定基因功能表達(dá)相關(guān)的新基因，二是由于數(shù)學(xué)模型、算法研究或者計(jì)算機(jī)技術(shù)本身的條件限制，導(dǎo)致不同方法都具有一定的局限性，得到的實(shí)驗(yàn)結(jié)果往往存在較大的差異。針對(duì)以上兩方面不足以及基因所具有的數(shù)據(jù)龐大性、交互復(fù)雜性、行為動(dòng)態(tài)性等特點(diǎn)，本文提出并探索了基于文獻(xiàn)和微陣列數(shù)據(jù)的方法。使用現(xiàn)有的醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)

3、出版物和實(shí)驗(yàn)基因表達(dá)數(shù)據(jù)，將機(jī)器學(xué)習(xí)方法應(yīng)用于基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的推導(dǎo)，繪制一個(gè)特定功能表達(dá)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，揭示基因之間的關(guān)系，為相關(guān)疾病的治療與健康服務(wù)提供支持。
　　本文內(nèi)容分為以下三個(gè)方面:首先，以美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書(shū)館現(xiàn)有的醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)資源為主要資源，利用聯(lián)機(jī)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)分析與檢索系統(tǒng)(MEDLINE)和標(biāo)記工具GENIA Tagger，針對(duì)基因名稱(chēng)和基因關(guān)系的特點(diǎn)，自定義了基因?qū)嶓w關(guān)聯(lián)規(guī)則，抽取基因?qū)嶓w及其關(guān)系，以基因?qū)嶓w為節(jié)點(diǎn)、基因關(guān)系