信息離散性度量方法及其在生物進(jìn)化中的應(yīng)用.pdf

1、自1859年Darwin的《物種起源》發(fā)表以來(lái),生物進(jìn)化理論是對(duì)自然科學(xué)和自然哲學(xué)發(fā)展的最重大貢獻(xiàn)之一,進(jìn)化論是生命科學(xué)中最重要的理論.分子生物學(xué)的發(fā)展,把進(jìn)化研究推進(jìn)到分子水平,因而在分子水平研究親緣關(guān)系已成為生物信息學(xué)的重要篇章.本文的主要工作是信息離散性度量方法及其在生物進(jìn)化中的應(yīng)用研究,具體工作概括如下:1.多序列比較是分子生物學(xué)中的一個(gè)基本問(wèn)題,本文利用了一種新的信息離散性度量方法——FDOD方法,將其應(yīng)用于SARS病毒研究中

2、,對(duì)SARS病毒與已知的三類冠狀病毒的復(fù)制酶、M蛋白、N蛋白和S蛋白進(jìn)行了進(jìn)化分析,得出的系統(tǒng)發(fā)育樹與現(xiàn)有的生物分析基本一致.同時(shí)進(jìn)一步顯示了FDOD方法的優(yōu)點(diǎn),數(shù)學(xué)基礎(chǔ)好,不帶有主觀因素,能比較客觀地度量生物序列間的差異,且計(jì)算過(guò)程簡(jiǎn)單快速,是分子進(jìn)化研究的一種有效工具.2.隨著越來(lái)越多的微生物全基因組測(cè)序的完成,人們開始在整個(gè)基因組的水平上研究物種的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系.本文將FDOD方法應(yīng)用于微生物全蛋白質(zhì)組的系統(tǒng)發(fā)育分析,所得進(jìn)化樹包括