Computer Simulations for Folding-Unfolding of Peptides and Large-scale Functional Motions of Proteins.pdf

1、蛋白質(zhì)折疊—去折疊和大尺度的功能運動是結(jié)構(gòu)生物學中兩個非常重要的研究方向.除了一系列實驗技術(shù)(例如X射線、核磁共振等等)以外,計算機模擬對于研究這些問題具有不可替代的作用,它能夠給出皮秒(10<'-12>秒)到微秒(10'<-6>秒)時間尺度內(nèi)蛋白質(zhì)原子水平上的動力學信息.生物大分子的計算機模擬這個領(lǐng)域開展時間并不算很長,但是已經(jīng)在研究蛋白質(zhì)折疊—去折疊和功能運動等方面取得了很大的成功,并且還在進一步的發(fā)展完善之中.該文使用了兩個體系對

2、ACM方法做了檢驗.首先,我們將ACM與一種溶劑化模型generalizedBorn/surfacearea(GB/SA)相結(jié)合,較快地實現(xiàn)了S肽類似物變性α-helix的復性;而通常的GB/SA模擬由于采樣效率的問題未觀察到復性.另一個體系是噬菌體T4溶菌酶(T4L),我們研究了溶菌酶N端結(jié)構(gòu)域和C端結(jié)構(gòu)域之間的運動.在水溶液中的模擬結(jié)果表明,ACM模擬在3納秒時間內(nèi),采樣效率比3納秒常規(guī)分子動力學模擬要高,兩個結(jié)構(gòu)域之間的運動"放大