版權(quán)說(shuō)明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請(qǐng)進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)
文檔簡(jiǎn)介
1、基因組序列k-mer出現(xiàn)的頻次存在進(jìn)化分離現(xiàn)象?;谶@一現(xiàn)象,我們分析了酵母基因組核小體核心序列與核小體連接序列中k-mer(k≤8)使用頻次的差異。分析了人類1號(hào)染色體基因間序列8-mer使用頻次的三峰分布及在XY二核苷分類下的分布特征,給出了理論預(yù)測(cè)的核小體結(jié)合模體集合,并與核小體占據(jù)率實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行了比較。具體內(nèi)容如下。
基于Brogaard等人在實(shí)驗(yàn)上給出的酵母基因組序列上單堿基精度的核小體定位標(biāo)注,獲得全部的核小體中心
2、序列和核小體連接序列。分析了k-mer(k取4、5、6和8)在兩類序列中相對(duì)使用頻率(RF)的差異,發(fā)現(xiàn)當(dāng)k≥6時(shí),少數(shù)高頻k-mer使用差異明顯。引入兩類序列k-mer相對(duì)使用頻率比的對(duì)數(shù)㈣參數(shù)值,并按照該值增序的方式排列模體,結(jié)果顯示模體長(zhǎng)度越長(zhǎng)兩類序列的使用差異越明顯,當(dāng)k>7以后差異分布逐漸穩(wěn)定。按照核心序列8-mer相對(duì)使用頻率增序的方式排列模體,發(fā)現(xiàn)在相對(duì)使用頻率小于0.5的區(qū)域,兩類序列的8-mer使用差異更加顯著。分別計(jì)
3、算了7個(gè)抽樣點(diǎn)附近核心序列偏好的8-mer和連接序列偏好8-mer的G+C含量和二核苷含量。結(jié)果顯示當(dāng)8-mer相對(duì)頻率逐步減小時(shí),對(duì)應(yīng)模體的G+C含量逐步增大,連接序列偏好GG和CC二核苷的使用,核心序列明顯偏好CG和GC二核苷的使用??傊?,除了少數(shù)極偏好的模體外,兩類序列k-mer使用的差異多數(shù)出現(xiàn)在k-mer相對(duì)頻率很低的模體上,這些模體具有較高的G+C含量。
核小體結(jié)合模體集合的理論預(yù)測(cè)對(duì)于全面了解核小體的定位和染色質(zhì)
4、重塑以及DNA序列的結(jié)構(gòu)和進(jìn)化具有重要的意義。為了解釋人類基因組序列8-mer相對(duì)模體數(shù)隨頻次的分布的三峰現(xiàn)象。將8-mer集合按照8-mer中包含CG二核苷的含量分類,發(fā)現(xiàn)三個(gè)8-mer子集(0CG,1CG和2CG)各自形成獨(dú)立的單峰分布,而依照其它15類二核苷分類則沒(méi)有此現(xiàn)象,總體8-mer的三個(gè)峰正是這三個(gè)CG8-mer子集分布的疊加。分析了DNA序列中8-mer使用的這一獨(dú)特的性質(zhì),結(jié)合對(duì)核小體結(jié)合序列的實(shí)驗(yàn)研究結(jié)論,我們提出了
5、1CG模體集合就是核小體結(jié)合模體的理論猜想。為了驗(yàn)證我們的猜想,計(jì)算了1CG8-mer集合中偏好和稀有的三核苷相對(duì)頻率,分別構(gòu)建了核小體特征參數(shù)ktri(O)和Ktri(R),得到它們?cè)?177個(gè)基因轉(zhuǎn)錄起始序列(TSS)上的分布,然后與實(shí)驗(yàn)給出的核小體占據(jù)率分布比較。線性擬合的統(tǒng)計(jì)結(jié)果表明,置信度大于95%的序列占到總數(shù)的89.2%,置信度大于99%的序列占到總數(shù)的81.6%。比較的結(jié)果印證了1CG模體集合就是核小體結(jié)合模體的理論猜想
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無(wú)特殊說(shuō)明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請(qǐng)下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請(qǐng)聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁(yè)內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒(méi)有圖紙預(yù)覽就沒(méi)有圖紙。
- 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 眾賞文庫(kù)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對(duì)用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對(duì)用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對(duì)任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
- 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請(qǐng)與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對(duì)自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 10247.人類dna序列8mer模體進(jìn)化差異及酵母核小體結(jié)合序列特征分析
- 基于FFT和k-mer劃分的多序列比對(duì).pdf
- 基因組序列8-mer模體使用分離與不同序列組成和物種進(jìn)化的關(guān)系.pdf
- 人類及酵母基因組功能區(qū)的核小體定位預(yù)測(cè).pdf
- 基于序列信息的核小體定位理論分析及預(yù)測(cè).pdf
- 禽呼腸孤病毒基因組序列模體特征分析.pdf
- 原核基因組基因序列相似性分析及其對(duì)基因預(yù)測(cè)結(jié)果的影響.pdf
- 核小體序列的進(jìn)化及核小體參與基因表達(dá)調(diào)控的機(jī)制.pdf
- 基因組中順式調(diào)控模體的特征分析與計(jì)算預(yù)測(cè).pdf
- 水稻線粒體基因組——序列多態(tài)性和基因組進(jìn)化,以及線粒體、葉綠體和細(xì)胞核基因組間的基因遷移.pdf
- 9011.酵母基因組8mer模體使用的進(jìn)化分離與功能分析
- 12850.核小體結(jié)合模體的預(yù)測(cè)及它們?cè)谌祟惢蚬δ芪稽c(diǎn)附近的分布
- 基因組序列特征分析.pdf
- 基于ME和k-mer的長(zhǎng)非編碼RNA和mRNA識(shí)別研究.pdf
- 原核生物基因組島預(yù)測(cè)結(jié)果比較及島內(nèi)必需基因分析.pdf
- 番茄和馬鈴薯基因組染色體?的比較基因組測(cè)序及初步分析
- 原核生物基因識(shí)別程序zcurve1.0的發(fā)展及基因組序列分析
- 酵母核小體定位的理論預(yù)測(cè)及核小體體外組裝的初步研究.pdf
- 原核生物基因及基因組結(jié)構(gòu)分析.pdf
- 基于K-mer相似性算法的DNA探針設(shè)計(jì)系統(tǒng).pdf
評(píng)論
0/150
提交評(píng)論