基因組中順式調(diào)控模體的特征分析與計(jì)算預(yù)測(cè).pdf

1、在各種生物學(xué)過(guò)程中，基因的表達(dá)呈現(xiàn)錯(cuò)綜復(fù)雜的時(shí)空特異性，轉(zhuǎn)錄調(diào)控對(duì)這些過(guò)程中基因的差異表達(dá)起著核心作用?；虮磉_(dá)的調(diào)控發(fā)生在三個(gè)相互整合的層次中。第一個(gè)層次發(fā)生在序列水平上，是指承擔(dān)一定功能的序列在基因組內(nèi)一維結(jié)構(gòu)的組織順序。這一水平涉及所有的編碼區(qū)、各種能結(jié)合序列特異性蛋白質(zhì)因子的調(diào)控序列以及決定染色質(zhì)纖維三維折疊形態(tài)的序列元件。第二個(gè)層次在染色質(zhì)水平上，指不同染色質(zhì)功能狀態(tài)之間的切換。抑制轉(zhuǎn)錄和允許基因活化這兩種狀態(tài)之間的切換可能發(fā)

2、生在基因簇的水平，包括由組蛋白修飾、DNA甲基化以及由多種抑制與活化機(jī)制相互作用所控制的一系列染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的改變。第三個(gè)是核水平，是基因組在細(xì)胞核內(nèi)部三維空間的動(dòng)態(tài)組織、細(xì)胞核結(jié)構(gòu)與功能的區(qū)室化。 　　為了進(jìn)一步理解順式調(diào)控模體的組織與功能之間的關(guān)系，本文從一般的順式調(diào)控模體中區(qū)別出兩種特殊類型。第一種類型為重復(fù)位點(diǎn)簇(ReSC)，當(dāng)一個(gè)調(diào)控序列中多次出現(xiàn)同一個(gè)或稱同質(zhì)的轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)時(shí)，定義為重復(fù)位點(diǎn)簇。重復(fù)位點(diǎn)簇是已知的通過(guò)單個(gè)

3、轉(zhuǎn)錄因子的局部濃度調(diào)控轉(zhuǎn)錄活性的模式。另一種類型為組合元件(CE)，由兩個(gè)緊密相鄰的轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)形成最小的功能單元，發(fā)揮組合的調(diào)控作用。本文接著分析了轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)TRANSFAC6.0和TRANSCompel6.0中的已知轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，調(diào)查了順式調(diào)控模體的統(tǒng)計(jì)學(xué)特征。通過(guò)預(yù)測(cè)人、小鼠、大鼠全基因組中基因上游5kb序列中的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，本文觀察到兩組中結(jié)合位點(diǎn)偏好性相反的轉(zhuǎn)錄因子，一組傾向于結(jié)合啟動(dòng)子附近的序列，另一組的結(jié)