2013～2015年貴陽(yáng)地區(qū)兒童手足口病患者腸道病毒71型VP1、VP4片段的核苷酸及氨基酸特征分析.pdf

1、目的：探討2013-2015年貴陽(yáng)地區(qū)手足口病患兒中腸道病毒71型(EV71)的流行趨勢(shì)及VP1、VP4基因序列特征；從而為該病的防治提供一定的有效信息。
　　方法:對(duì)來(lái)自2013-2015年手足口病患兒的220例EV71陽(yáng)性臨床樣本進(jìn)行VP1、VP4全序列的逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)擴(kuò)增測(cè)序，并與美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心公布

2、的EV71 A、B、C基因型代表株進(jìn)行核酸系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析，以及核苷酸同源性分析和氨基酸比對(duì)分析。
　　結(jié)果：進(jìn)化樹(shù)顯示220例EV71 VP1與VP4均與C4標(biāo)準(zhǔn)株成簇，并且220例樣本之間EV71的VP1片段核苷酸及氨基酸一致性分別為97.77％和99.63%，VP4片段核苷酸及氨基酸一致性分別為97.72%和99.93%，樣本EV71 VP1及VP4核苷酸序列均與GenBank C基因型標(biāo)準(zhǔn)株接近，VP1核苷酸同源性為86.9

3、8%～98.09%，VP4核苷酸同源性為84.06%～99.03%，其中與2008年北京市的EV71流行株(C4亞型)VPl區(qū)核苷酸同源性為96.86%-98.09%，VP4為94.21-99.03％，同時(shí)。氨基酸變異方面與2008年中國(guó)大陸流行毒株相比，EV71的VP1片段氨基酸序列主要發(fā)生了以下變異，22位組氨酸（H）22/220變異為谷氨酰胺（Q），145位谷氨酸（E）13/220變異為甘氨酸（G），145位谷氨酸（E）13/22

4、0變異為谷氨酰胺（Q），283位絲氨酸（S）15/220變異為蘇氨酸（T），289位丙氨酸（A）47/220變異為蘇氨酸（T），293位丙氨酸（A）18/220變異為絲氨酸（S），EV71的VP4片段氨基酸序列發(fā)生H13Y、E14Q、E14K、A19G、I25M、S45R、Q48L、D51H、K52R、D59N、K69N等突變，突變率均為1/220。
　　結(jié)論：2013-2015年貴陽(yáng)地區(qū)手足口病患兒中的EV71流行株均屬C基因型