基于結(jié)構(gòu)信息和偽氨基酸組分信息預(yù)測(cè)抗凋亡蛋白質(zhì)與促凋亡蛋白質(zhì).pdf

1、蛋白質(zhì)主宰著一切生命活動(dòng)，協(xié)調(diào)著一系列復(fù)雜的生物學(xué)過(guò)程，不同類型的蛋白質(zhì)行使著不同的生物學(xué)功能。其中細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)是一種有著特殊功能的蛋白質(zhì)，在生物體的生長(zhǎng)和維持體內(nèi)平衡中扮演著重要的角色。在細(xì)胞凋亡過(guò)程中抗凋亡蛋白質(zhì)與促凋亡蛋白質(zhì)對(duì)細(xì)胞凋亡的調(diào)控起著不同的作用。如果抗凋亡蛋白質(zhì)或者促凋亡蛋白質(zhì)失活，將導(dǎo)致癌癥和其它疾病的發(fā)生。所以對(duì)抗凋亡蛋白質(zhì)和促凋亡蛋白質(zhì)的識(shí)別，將有助于我們更好的了解細(xì)胞凋亡的致病機(jī)理。
　　本文以細(xì)胞凋亡蛋

2、白質(zhì)為研究對(duì)象，在構(gòu)建數(shù)據(jù)集以及尋找蛋白質(zhì)序列、物理化學(xué)和結(jié)構(gòu)等特征信息的基礎(chǔ)上，運(yùn)用離散增量(ID)和支持向量機(jī)(SVM)等算法，對(duì)抗細(xì)胞凋亡和促細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)研究，主要研究工作如下:
　　1、首次建立了促凋亡蛋白質(zhì)與抗凋亡蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集D361。采用支持向量機(jī)算法(SVM)進(jìn)行了預(yù)測(cè)，在Jackknife檢驗(yàn)下得到了較好的預(yù)測(cè)成功率，取得了理想的預(yù)測(cè)效果。其中基于特征融合方法的Jackknife檢驗(yàn)預(yù)測(cè)成功率普遍高于其它

3、單一特征的預(yù)測(cè)成功率。
　　2、在D361數(shù)據(jù)集的基礎(chǔ)上，我們根據(jù)Uniprot網(wǎng)站的更新進(jìn)一步豐富了數(shù)據(jù)集D461，并且發(fā)現(xiàn)新數(shù)據(jù)集的正負(fù)集序列條數(shù)比上一數(shù)據(jù)集更趨于平衡。通過(guò)結(jié)合支持向量機(jī)算法(SVM)進(jìn)行預(yù)測(cè)，新的數(shù)據(jù)集無(wú)論是在提取單一特征進(jìn)行預(yù)測(cè)，還是融合特征信息后預(yù)測(cè)，都較前一數(shù)據(jù)集Jackknife檢驗(yàn)預(yù)測(cè)成功率有了很大提高。
　　3、根據(jù)細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)生物學(xué)特性和物理化學(xué)特性，我們提取了蛋白質(zhì)如下六類特征信息: