紫菜cSSR引物的開發(fā)、應用及AFLP分析.pdf

1、紫菜作為大型經(jīng)濟海藻，由于其基因組較小，生長周期中具有單倍體和雙倍體的世代交替現(xiàn)象，是研究海藻遺傳發(fā)育較好的模式植物。然而在開發(fā)利用紫菜資源的過程中，種質問題長期以來一直是困擾其生產(chǎn)的嚴重問題。本研究用SSR和AFLP分子標記技術對紫菜材料進行了分析。 本研究首次報道了紫菜cSSR引物的開發(fā)及其在種質鑒定中的應用。從已經(jīng)公布的20779個紫菜EST序列中，共找出SSRs(長度至少20bp)392個，包含在201個EST序列中，刪

2、除重復的序列，最終共得到65個SSR-ESTs。根據(jù)SSR側翼序列設計了48對cSSR引物，其中，41對引物能在大多數(shù)材料中擴增出條帶，用這些引物對22個紫菜材料進行SSR分析。選用擴增條帶清楚的21對引物共94個位點進行了聚類分析，從引物PC01，PC11，PC12，PC28擴增的條帶中選擇12條擴增和重復性較好的帶，構建了這22個材料的指紋圖譜。用所開發(fā)的cSSR引物在其他海藻中進行PCR擴增分析，結果顯示，沒有一對引物能在所有選用

3、的材料中擴增出相同的條帶。 為驗證cSSR分析的結果，隨機選用24對引物組合對27個紫菜材料進行了AFLP分析，選用擴增條帶多而且清楚的9個引物組合共511個擴增位點進行聚類分析。從引物組合M-CGA/E-AA和M-CGA/E-TA的擴增產(chǎn)物中選擇13條帶構建了27個紫菜的指紋圖譜。通過AFLP分析，共獲得21個特異的AFLP標記，迄今對8條特異性條帶進行了回收，克隆和測序，其中6條測序成功，2條AFLP標記順利轉成SCAR標記