生防枯草芽孢桿菌mRNA差異顯示分析.pdf

1、枯草芽孢桿菌是一種重要的生物拮抗菌，在植物病害生物防治方面具有突出貢獻(xiàn)?？莶菅挎邨U菌(Bacillus subtilis)Zh-2、Zh-4、Zh-6、Zh-18菌株是黑龍江省科學(xué)院微生物研究所基因工程室分離、鑒定并保存的4株重要生防菌。這些菌株形態(tài)、生理生化特性相同，而抑菌能力和抑菌譜不同。為了從分子水平區(qū)分這些菌株和快速克隆功能性新基因，本文首次采用mRNA差異顯示分析技術(shù)，從分子水平探討各個(gè)菌株之間的差異，尋找和分離其差異表達(dá)基因

2、片段，為各個(gè)菌株建立一個(gè)分子檔案，以區(qū)別各個(gè)菌株，同時(shí)，對(duì)特異表達(dá)基因的研究也有助于我們挖掘和利用優(yōu)良基因，為快速克隆功能性新基因提供一種技術(shù)方法。 本項(xiàng)研究采用TaKara RNAiso Reagent法提取枯草芽孢桿菌總RNA，選擇MICROBExpress TM Bacterial mRNA Enrichmem Kit(Ambion)試劑盒富集mRNA，根據(jù)枯草芽孢桿菌基因組DNA GC含量與大腸桿菌基因組DNA GC含

3、量具有相似性，從文獻(xiàn)中選擇11條隨機(jī)引物對(duì)4株枯草芽孢桿菌進(jìn)行mRNA差異顯示分析，結(jié)果表明用這些隨機(jī)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，獲得了77個(gè)差異片段。選擇5個(gè)差異片段測(cè)序后進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。 來自于Zh-4菌株的S-1序列片段長(zhǎng)750bp，經(jīng)過生物信息學(xué)分析，該序列片段與來自枯草芽孢桿菌菌株168的相關(guān)基因序列有84％的相似性，編碼產(chǎn)物名稱是假定蛋白(hypothetical．protein)．。但該序列片段的功能目前還不清楚。

4、 來自于Zh-4菌株的S-2序列片段長(zhǎng)462bp，經(jīng)過生物信息學(xué)分析，該序列片段與來自枯草芽孢桿菌菌株168的16SrRNA有99％的相似性。 來自于Zh-4菌株的S-3序列片段長(zhǎng)度414bp，經(jīng)過生物信息學(xué)分析，該序列片段與來自枯草芽孢桿菌168菌株的序列(檢索號(hào)：refNP_ 387945.1)有84％的相似性，編碼產(chǎn)物名稱是磷酸絲氨酸酶(serine phosphatase)，其余的一部分相似序列所代表的功能均

5、與孢子形成Ⅱ期有關(guān)，剩余的相似序列來源于BAC庫的測(cè)序結(jié)果。但該序列片段的功能目前還不清楚。 來自于Zh-18菌株的S-4序列片段長(zhǎng)418bp，氨基酸序列比對(duì)檢索與S-3序列片段相同，但2個(gè)序列的核苷酸序列不同。S-4序列片段的功能也未知。來自于Zh-18菌株的S-5序列片段長(zhǎng)222bp，經(jīng)過生物信息學(xué)分析，該序列片段與來自短小芽孢桿菌菌株SAFR-032(gb | cp000813.1 |)有95％的相似性，相似序列功能是編